번역 - International code of nomenclature of prokaryotes (ICNP) (2008 개정본)

이 글은 다음 문서을 번역한 글입니다. ICNP은 1958년에 최초로 확립되었으며 1975년, 1990년, 2008년에 개정이 있었고 2022년 새로운 개정본이 나올 예정입니다. 새로운 개정본이 나오는대로 바뀐 부분을 업데이트하도록 하겠습니다. 번역 오류나 더 나은 단어가 있다면 알려주세요.

** 특정 명사에 대한 번역, 이유

Codes : 규약

Rules : 규정

Provision : 조항

Type : 표준 (Nomenclatural types : 명명표준

Bacteriology : 세균학 // 최초로 ICNP가 정립된 1975년에는 Archaea의 개념이 없었으므로 Bacteriology는 진정세균(박테리아)을 가리킨다기보다는 일반적인 의미의 세균을 가리킨다고 보는 것이 더 합당함.

Nomenclature : 명명법

Code of nomenclature : 명명규약

Name : 명칭

Epithet : 소명

Opinion : 오피니언

Issue : 이슈

Statute : 규정

Category : 범주

Rank : 지위

Taxonomy : 분류학, 분류 체계

Specific epithet : 종소명

Combination : 분류명

Editorial Note : 편집자 주

Valid publication : 유효한 출판

Effective publication : 실질적인 출판 // 뭔가 실질적인 출판은 그냥 출판보다 약한 느낌이 들지만 맥락 상 그냥 출판보다 강한 느낌을 의미합니다. 수정이 필요할 듯.

Legitimacy : 타당성

Circumscription : 범위

Position : 위치

Order : 체계 (목의 의미가 아님)

hyphen : 한국에서 사용되는 붙임표의 의미는 hyphen과 en dash가 있는데, 하이픈의 의미를 살리기 위하여 하이픈으로 번역함.

Description : 설명 ==> 종에 대한 설명의 의미인데, 너무 딱딱하게 느껴지기는 함. 수정이 필요할수도?

Holotype : 정기준주

Neotype : 신기준주

Reference strain : 참조균주

culture collection(s) : 배양자원센터

Culture : 배양체

Subculture : 계대배양체

Approved Lists : 승인목록 (이미 세균학명승인목록이라는 단어가 있어서 불가피하게 이렇게 번역함. 사실 세균학명인정목록이 더 어울린다고 생각함. 기존의 명칭들을 유효하도록 인정한 것이므로. 때문에 Validation List가 승인목록이 되어야 한다고 생각함)

Validation List : 유효목록

Notification List : 공고목록

homonym : 동음이명

earlier synonym : 앞선 동의명

later synonym : 나중 동의명

homotypic synonym : 같은표준동의명

heterotypic synonym : 다른표준동의명 // 띄어쓰기와 관련되어 수정 사항이 필요할 듯

Priority : 우선순위

Consortium : 공동체

Binary Combination : 이원적 분류명

Orthographic variant : 철자적 이형

International code of nomenclature of prokaryotes : 국제원핵생물명명규약 // (ICNP)

**피동 표현을 대부분 사동으로 고쳤으나 일부 피동 표현은 유지하였습니다.

Parker, C. T., Tindall, B. J., & Garrity, G. M. (Eds.). (2019). International code of nomenclature of prokaryotes: Prokaryotic code (2008 revision). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 69(1A), S1-S111.

제1장 일반 고려사항

일반 고려사항 1

세균학은 대다수의 세균학자들이 받아들이는 정확한 명명법에 의하여 더욱 발전할 수 있다.

일반 고려사항 2

명명법을 확립하기 위해서는 국제적으로 인정되는 규정으로 학명을 제한하는 것이 필요하다.

일반 고려사항 3

생명과학 분야에서 사용되는 과학적 명명법에 적용되는 규정은 국제명명규약 (International Codes of Nomenclature)에 수록되어 있다 (이들 규약의 목록은 부록 1 참고).

일반 고려사항 4

명명법의 규정은 분류군의 경계나 관계를 정하지 않는다. 규정은 주로 정의된 분류군에 적용된 명칭이 올바른 지를 평가하기 위한 것이며, 새로운 명칭을 만들고 제안하는 절차도 규정한다.

일반 고려사항 5

이 원핵생물명명규약은 모든 원핵생물에 적용된다. 진핵 미생물의 명명법은 다른 규약에서 규정한다. 예를 들어 균류(fungi)와 조류(algae)는 조류, 균류와 식물에 대한 국제명명규약(International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants), 원생동물(protozoa)은 국제동물명명규약 (International Code of Zoological Nomenclature)에서 규정한다. 바이러스 명명법은 바이러스 분류와 명명법에 대한 국제규약 (International Code of Virus Classification and Nomenclature)에서 규정한다 (부록 1 참고).

주목. "원핵생물"은 다음과 같은 광범위한 생명체를 포함한다. Schizomycetes, Bacteria, Eubacteria, Archaebacteria, Archaeobacteria, Archaea, Schizophycetes, Cyanophyceae, Cyanobacteria.

일반 고려사항 6

이 규약은 원칙, 규정, 권고로 세분된다.

원칙 (제2장)은 규약의 기반이 되며 규정과 권고 사항는 원칙에서 파생된다.
규정 (제3장)은 원칙를 효과적으로 적용하고 과거의 명명법을 정리하며 미래의 명명법에 대비할 수 있도록 설계되었다.
권고 (제3장)는 부수적인 부분을 다루며 보충하는 규정에 각각이 덧붙여진다. 권고에는 규정과 같은 강제력은 없으며 미래에 바람직한 관행에 대한 지침이 되도록 만들어졌다. 이러한 이유로 명칭이 권고에 반하더라도 거부될 수 없다.
규정 개정, 규정의 특별한 예외 및 애매모호한 경우 규정의 해석에 대한 조항은 International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP)의 구성원과 ICSP를 대신하여 활동하는 ICSP 사법위원회에 의해 만들어져왔다 (규정 1b와 Statutes of the International Committee on the Systematics of Prokaryotes 참고). 사법위원회에서 발표한 오피니언은 10명 이상의 위원으로부터 찬성표를 받은 후에야 효력이 발생하나 ICSP Statutes에 따라 폐지될 수도 있다. ICSP의 공식 학술지는 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)으로 이전에는 International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB)라고 불렸으며 그 이전에는 International Bulletin of Bacteriological Nomenclature and Taxonomy (IBBNT)로 불렸었다. (필요한 경우 ICSP가 다른 학술지를 지정할 수 있으나 미래에 실제로 지정되더라도 이 규약의 “International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology”나 “IJSEM”라는 용어에 내포된다. 그러나 이 내용은 언급될 때마다 항상 반복되지는 않는다.)
이 규약의 적용을 돕기 위하여 부록이 추가된다. (Table of Contents 참고).
규약에서 사용되는 몇 단어는 정의가 제공된다. 이러한 단어는 관련 조항에 볼드체로 나타나 있으며 규약 다른 곳에 볼드체로 표기될 수도 있다.

일반 고려사항 7

명명법은 다음을 다룬다.

"종(species)", "속(genus)", "과(family)"와 같이 분류학적 범주를 나타내는데 사용하는 용어.
범주 간의 상대적인 지위 (규정 5 참고).
각각의 분류군에 적용되는 명칭. 이 규약에서 분류학적 그룹은 분류군으로 지칭된다. 이 규약에서 “분류학적 그룹"은 공식 분류체계에서 명명된 그룹으로 여겨지는 임의의 생명체 그룹을 지칭하기 위하여 사용된다. 분류학적 그룹은 범주와 일치할 수도, 일치하지 않을 수도 있다.

예시: 종의 명칭, Pseudomonas (속명) aeruginosa (종소명); 속의 명칭, Pseudomonas; 과의 명칭, Pseudomonadaceae; 목의 명칭, Pseudomonadales.

일반 고려사항 8

국제원핵생물명명규약은 과학적 의사소통의 도구이다. 명칭은 이들이 형성되고 사용되는 상황에서만 의미를 지닌다.

편집자 주. Bacteriaological Code (1975 개정본)에는 세균학명승인목록 (Approved Lists of Bacterial Names)이 출판되며 효력을 잃어버린 명칭으로 구성된 예시가 많다[1]. 이 예시들은 Bacteriological Code (1990 개정본)까지는 유지되었으나 현재 대부분이 대체되었다 (San Francisco minutes of the Judicial Commission의 minute 7, topic 2 (ii) 참고). 다만 아직도 몇 예시는 남아있는데, 이들을 통해 이전에 일어났고 재발할 수 있지만 현재 규약 상의 지위가 있는 명칭만으로는 늘 설명할 수만은 없는 문제점을 설명할 수 있기 때문이다.

제2장 원칙

원칙 1

명명법의 요점는 다음과 같다.

명칭의 안정성을 추구한다.
오류나 혼동을 일으킬만한 명칭을 예방하거나 거부한다.
명칭의 쓸모없는 생성을 방지한다.
규약의 어떠한 내용도 분류학적 사고와 행동의 자유를 제한하는 것으로 구성되지 아니한다.

주. 이 규약에서 “명칭”은 원핵생물에 적용되는 학명을 지칭하는데 사용된다. (제3장, 3절 참고).

원칙 2

원핵생물 명명법은 식물이나 동물 명명법과 독립적이지 않다. 속 이상의 지위를 가진 분류군을 새로이 명명할 때에는 국제동물명명규약과 조류, 균류와 식물에 대한 국제명명규약에서 관리하는 명칭을 피하도록 충분히 검토하여야 한다.

주. 이 원칙은 ICSP에서 해당 변경 사항에 대한 승인을 발표한 2000년 11월부터 효력을 발휘하며 소급되지 않는다. 비록 완벽하지는 않지만 동물 분류군 명칭의 광범위한 목록은 Zoological Record에 보존되어 있으며 고등식물, 조류와 남세균, 식물성 원생생물과 균류를 포함하는 식물 분류군 명칭은 Index Nominum Genericorum (ING), Names in Current Use and the International Mycological Institute (Bioscience index of fungi)에 보존되어 있다.

원칙 3

모든 분류군의 학명은 어원과 상관없이 라틴어 또는 라틴어로 취급되는 라틴화 단어이다. 이들은 주로 라틴어나 그리스어에서 따온다 (제3장, 9절, 부록 9 참고).

원칙 4

분류군을 명명하는 주된 목적은 분류군의 특징이나 이력을 나타내기 위함이 아닌 분류군을 지칭하기 위한 방법을 제공하기 위함이다.

원칙 5

분류군의 명칭은 이 규약에서 표준으로 지칭되는 명명표준에 의하여 적용된다 (제3장, 4절 참고).

원칙 6

분류군의 올바른 명칭은 유효한 출판, 타당성과 우선적인 출판을 바탕으로 한다 (제3장, 5절 참고)

원칙 7

유효하게 출판되지 않은 분류군의 명칭은 규정에 따른 자격도 없으며 명칭의 승인을 요구할 수 없다 (제3장, 5절 참고).

원칙 8

주어진 범위, 위치, 또는 지위에 대해 더 낮은 지위의 각 분류군이나 순서는 오직 하나의 올바른 명칭을, 곧 이 규약의 규정을 따르는 가장 앞선 명칭만을 지닌다. 이 원칙에는 예외 조항이 있다. (규정 23a, 23b, Statutes of the ICSP 참고).

주1. 종의 명칭은 속명과 종소명의 이원적 분류명이다.

주2. (i) 범위은 분류군의 한계를 나타내고 (ii) 위치는 다른 제안이 있을 경우 분류군이 배치되는 상위 분류군을 의미하며 (규정 23a도 참고) (iii) 지위는 분류학적 범주의 계층적 구조에서의 수준을 의미한다.

원칙 9

분류군의 명칭은 추가적인 분류학적 연구가 진행되어 충분한 이유가 제시되거나 이 규약의 규정에 위배되는 명칭을 포기하여야 할 필요성이 충분하지 않는 한 바꾸어서는 안된다.

제3장 명명법 규정과 권고

1절. 일반

규정 1a

이번 International Code of Nomenclature of Bacteria의 개정은 이전의 모든 Bacteriological Code의 개정본의 지위를 대체하며 국제원핵생물명명규약이라고 불러야 한다 (부록 1 참고). 이 개정은 Prokaryotic Code (2008 개정본)으로 인용하여야 하며 온라인에 게시된 시점 (2015년)부터 적용된다.

규정 1b

이 규약의 변경은 오직 ICSP 총회 중에서만 가능하다. 수정을 위한 제안은 다음 International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology 전에 IJSEM에 출판될 수 있도록 충분한 시간 내에 제안되어야 한다. 이 조항과 다른 조항에 대해서는 ICSP Statutes를 참고하자.

규정 2

이 규약의 규정은 예외 사항이 명시된 경우를 제외하고는 효력이 소급된다.

예시 : 규정 18a, 규정 30.

규정 3

규정에 반하는 명칭은 International Committee on Systematics of Prokaryotics가 사법위원회의 권고에 따라 예외 사항을 둘 수 있다는 점을 제외하고는 유지될 수 없다. (규정 23a와 ICSP Statutes 참고)

규정 4

적절한 규정이 없거나 규정의 적용이 불확실한 경우 관련된 모든 사실이 서술된 요약본이 검토를 위하여 사법위원회에 제출되어야 한다. (Request for an Opinion의 준비와 관련하여 부록 8 참고)

2절. 분류군의 지위

규정 5a

분류학적 범주의 정의는 필연적으로 개인의 의견에 따라 달라질 수 있지만 이러한 범주의 상대적인 순서는 어떠한 분류에서도 변경되지 않을 수 있다.

규정 5b

이 규정이 다루는 종 이상의 분류학적 범주는 분류학적 지위에 대한 오름차순으로 아래에 제시되어 있다. 왼쪽 열에 있는 범주는 적절하게 배정되어야 하며 오른쪽 열에 있는 것들은 선택적이다. 괄호 안에 라틴어 동의어가 주어져 있다.

종 (Species)

아속 (Subgenus)

속 (Genus)

아족 (Subtribus)

족 (Tribus)

아과 (Subfamilia)

과 (Familia)

아목 (Subordo)

목 (Ordo)

아강 (Subclassis)

강 (Classis)

규정 5c

종은 아종으로 나뉠 수 있으며 이 과정은 이 규약의 규정 (규정 13a-d 참고)에 의하여 처리된다. 변종은 아종의 동의어로 혼란을 초래할 수 있는 단어이기 때문에 사용을 권장하지 않는다. 또한 이 규약의 출판 이후 새로운 명칭에 변종이라는 용어를 사용하는 것은 명명법에서 어떠한 지위도 가지지 않는다.

규정 5d

아종보다 지위가 낮은 분류군 (아종 이하의 세부 분류군)은 이 규약의 규정에서 다루지 않으나 규정 14a와 부록 10을 참고하자.

3절. 분류군의 명명

일반

규정 6

모든 분류군의 학명은 반드시 라틴어로 취급되어야 한다. 종보다 높은 지위의 분류군 명칭은 한 단어이다.

권고 6

새로운 원핵생물 명칭과 소명을 형성하기 위하여, 저자들에게 다음 사항이 권고된다.

매우 길거나 발음하기 어려운 명칭이나 소명은 피한다.
라틴화했을 때 발음하기 쉬운 명칭이나 소명을 만든다.
라틴어나 그리스어 등가 단어가 존재하거나 두 언어의 단어 요소를 결합하여 구성할 수 있다면 라틴어나 그리스어가 아닌 다른 언어의 단어를 사용하는 것은 피해야 한다. 단 라틴어나 그리스어 명칭이 존재하지 않는 음식, 음료, 지리적 장소 등의 지역적인 명칭은 예외로 한다.
저자가 출판에 동의하지 않았다면 저자의 주석에 있는 출판되지 않은 명칭이나 소명을 채택하여 이를 해당 저자에게 귀속하지 말아야 한다.
새로운 속명과 소명에 대한 어원을 제시한다.
제안한 명칭이나 소명이 규정에 부합하는지 확인한다.
혼동을 피하기 위하여 그리스 문자 K와 Z, 중세 라틴 문자 J (자음화된 I)는 유지되어야 한다.

예시: Acinetobacter 보다는 Akinetobacter, Acidianus 보다는 Acidijanus.
M.L. 은 "근대 라틴어 (Modern Latin)"가 아닌 "중세 라틴어 (Medieval Latin)"를 의미한다. 전자의 의미는 N.L. ("근대 라틴어 (Neo Latin)")으로 표현한다.
임의의 명칭이 형성될 때 (규정 10a와 12c 참고), 명칭은 명시되어야 하며 쓰고 발음하기에 쉬워야 한다.
저자는 자신이나 공동 저자의 이름을 따서 생명체를 명명하지 말아야 한다. 만약 속명이나 종소명이 사람의 이름에서 유래한 경우 해당 명칭에는 한 사람의 축약하지 않은 성 (드물게는 이름)만이 포함되어야 한다.

속 초과 목 이하의 지위를 가진 분류군의 명칭

규정 7

속 초과 목 이하의 지위를 가진 분류군의 명칭은 라틴어나 그리스어 어원의 명사로 사용되는 명사나 형용사, 또는 라틴화된 단어이다. 명칭은 여성형이고 복수형이며 첫 문자는 대문자이다.

예시 : Pseudomonadaceae 과

역사적으로 이 모든 명칭은 "Plantae", 곧 식물로 의미를 한정하는 여성형 복수형 형용사였다. 현대 원핵생물 명명법에서 이들 명칭은 "procaryotae"로 의미를 한정한다.

예시 : Plantae pseudomonadaceae; Procaryotae pseudomonadaceae.

실제로 이들 명칭은 단독으로 사용되며 명사로 사용된다.

예시 : Pseudomonadaceae의 구성원

목보다 높은 지위를 가지는 분류군의 명칭

규정 8

이 규약에서 다루는 목보다 높은 지위를 가지는 분류군의 명칭은 라틴어나 라틴화된 단어이다. 강의 명칭은 중성형이고 복수형이며 첫 문자는 대문자이다. 강의 명칭은 해당 강의 표준목의 표준속의 어간에 접미사 -ia 를 붙임으로써 만들어진다. 아강의 명칭은 여성형이고 복수형이며 첫 문자는 대문자이다. 아강의 명칭은 해당 아강의 표준목의 표준속의 어간에 접미사 -idae를 붙임으로써 만들어진다.

예시 : 역 – Procaryotae; 강 – Clostridia.

아강과 속 사이 분류군의 명칭 (목, 아목, 과, 아과, 족, 아족)

규정 9

아강와 속 사이의 분류군 명칭은 표준속의 어간에 적절한 접미사를 붙임으로써 형성된다 (규정 15 참고). 해당 접미사들은 아래 표 1 에 제시되어 있다.

표 1. 범주의 접미사

지위	접미사	예시
목	-ales	Pseudomonadales
아목	-ineae	Pseudomonadineae
과	-aceae	Pseudomonadaceae
아과	-oideae	Pseudomonadoideae
족	-eae	Pseudomonadeae
아족	-inae	Pseudomonadinae

속과 아속의 명칭

규정 10a

속이나 아속의 명칭은 명사, 또는 명사처럼 사용되는 형용사이며 단수형이고 첫 문자는 대문자이다. 명칭은 어떤 출처에서 따와도 되며 임의적인 형태로 구성하여도 된다. 명칭은 라틴어 명사로 취급된다.

예시 : 단일 그리스어 어간, Clostridium; 두 그리스어 어간, Haemophilus; 단일 라틴어 어간, Spirillum; 두 라틴어 어간, Lactobacillus; 혼합 명칭, 라틴어-그리스어 어간, Flavobacterium; 라틴화된 사람 이름, Shigella; 임의 명칭, Afipia, Desemzia, Waddlia, Cedecea.

권고 10a

다음 권고은 새로운 속명이나 아속명을 형성할 때 적용된다.

속이나 아속을 명명할 때 세균학과 별 관련이 없는 사람, 최소한 자연과학과 연관이 거의 없는 사람의 이름을 따는 것은 피한다.
남성을 기리기 위함이든 여성을 기리기 위함이든, 사람의 이름을 딴 속명이나 아속명은 여성형 형태를 부여한다 (규정 63 참고).
식물학이나 동물학에서 사용되는 속명, 특히나 개중 잘 알려진 명칭을 세균학에 도입하는 것을 피한다 (부록 9 참고).

규정 10b

속명과 아속명은 동일한 규정 및 권고를 따르지만 예외적으로 규정 10c는 오직 아속명에만 적용된다.

규정 10c

아속의 명칭이 종의 명칭에 포함되는 경우 아속의 명칭은 속명과 종소명 사이의 괄호 안의 약어 "subgen."의 뒤에 위치한다. 이때 인용은 괄호가 닫히기 전에 삽입되어야 한다.

예시 : Acetobacter (subgen. Gluconoacetobacter) liquefaciens 또는 Acetobacter (subgen. Gluconoacetobacter Yamada and Kondo 1985) liquefaciens (Asai 1935) Yamada and Kondo 1985.

아속과 종 사이 분류군의 명칭

규정 11

부문, 세부문, 시리즈, 세부시리즈와 같은 분류학적 범주는 이 규약의 규정이 적용되지 않는 비공식 범주이다. 이들이 지정되었다고 해도 속의 명칭과 아속의 명칭에 대한 우선순위과 동음이의성에는 영향이 없다.

종의 명칭

규정 12a

종의 명칭은 속의 명칭과 단일 종소명이 차례로 연결된 형태의 이원적 분류명이다.

만약 종소명이 둘 이상의 단어로 형성된다면 단어들은 연결되어야 한다. 만약 유효한 출판에서 단어가 연결되어 있지 않다면 소명은 거부되지 아니하고 명칭은 단어들을 연결함으로써 교정된다. 교정하는 것은 어떠한 저자도 할 수 있다. 만약 소명이 하이픈으로 연결되어 있다면 그 부분은 하이픈을 제거하고 연결되어야 한다. 해당 명칭은 유효하게 출판된 것으로 간주되며 명명법에서의 지위를 유지한다.

예시: Nocardia otitidis-caviarum은 Nocardia otitidiscaviarum으로 교정되었고, Propionibacterium acidi-propionici는 Propionibacterium acidipropionici로 교정되었으며, Treponema paraluis-cuniculi는 Treponema paraluiscuniculi로 교정되었다.

규정 12b

같은 속에서 서로 다른 두 표준을 바탕으로 한 종소명이나 아종소명은 동일할 수 없다 (규정 13c, 40d와 9절 참고).

예시: Bacillus pallidus Scholz et al. 1988는 명명표준인 strain H12 에 의해 형성되었기 때문에 다른 표준에 의해 형성된 진정세균의 명칭, Bacillus pallidus Zhou et al. 2008는 종소명 pallidus를 사용할 수 없다.

규정 12c

종소명은 어떠한 출처에서도 명칭이 유래될 수 있으며 임의적으로 구성될 수도 있다.

예시 : Bacteroides thetaiotaomicron의 thetaiotaomicron은 그리스 문자 theta, iota, omicron의 결합에서 유래하였다.

종소명은 반드시 다음 세 방식 중 하나로 간주되어야 한다.

속명과 문법적 성이 일치하는 형용사

예시 : Staphylococcus aureus에서의 aureus.
주격의 동격에서의 명사

예시 : Desulfovibrio gigas나 Trüper and De’Clari [3]에 의해 인용된 다른 명칭들
소유격에서의 명사

예시 : Escherichia coli에서의 coli.

권고 12c

저자는 종소명을 형성하는 과정에서 이 권고과 권고 6을 따르도록 주의를 기울여야 한다.

종의 특성이나 종의 출처를 전반적으로 나타내는 종소명을 선택한다.
속 내 대부분의 종의 성질을 표현하는 종소명은 피한다.
사람의 이름에서 따온 경우 반드시 이를 발견하거나 기술한 사람, 또는 이와 어떤 식으로든 관련이 있는 사람의 이름을 연상시키도록 하고, 적절한 문법적 성을 가지도록 하여야 한다 (부록 9 참고).
속명과 매우 비슷한 경우, 특히 마지막 문자만 다른 경우는 피한다 (규정 56a(4) 참고).
같은 속의 서로 다른 두 종을 지칭하기 위하여 같은 종소명의 소유격과 형용사적 형태를 동시에 사용하는 것을 피한다 (규정 63 참고).
열거에 사용되는 서수형 형용사가 사용된다면 10까지의 숫자를 사용할 수 있다. 예시: primus, secundus.

아종의 명칭

규정 13a

아종의 명칭은 속의 명칭, 종소명, 약어인 "subsp." (아종), 그리고 아종소명이 차례대로 결합된 형태의 삼원적 분류명이다.

예시 : Bacillus subtilis subsp. spizizenii Nakamura et al. 1999.

“변종”에 대해서는 규정 5c 참고.

규정 13b

아종소명은 종소명과 같은 방식으로 형성된다. 만약 형용사의 형태라면 속명의 문법적 성과 일치한다.

규정 13c

같은 속이나 같은 종에 속하는 서로 다른 두 아종은 같은 아종소명을 가지지 않는다 (규정 12b, 40d도 참고).

규정 13d

종과 같은 표준을 가지는 아종의 경우 아종소명은 종소명과 같아야 한다 (규정 40d, 45도 참고).

아종 내 분류군의 명칭

규정 14a

아종보다 낮은 지위의 여러 분류군의 지정은 이 규약의 규정과 권고에서 다루지 않는다 (이들의 명명법에 대한 조언은 부록 10 참고).

규정 14b

아종 내 분류군의 지정이 라틴어, 또는 라틴화된 형태로 이루어졌다면 해당 명칭이 이 규정에 부합하는 경우 후속 저자가 아종이나 종의 명칭으로 격상할 수 있다. 이 경우 저자가 규정 27을 준수하였다면 격상된 날짜가 우선순위의 기준이 되며 명칭은 격상한 저자에게로 귀속된다.

예시: Pseudomonas cannabina (ex Šutič and Dowson 1959) Gardan et al. 1999는 Pseudomonas syringae 병원체 변종 Cannabina (Šutič and Dowson 1959) Young et al. 1978이 Gardan et al. [4]에 의해 격상되면서 형성되었다.

4절. 명명표준과 이들의 지정

일반

규정 15

분류군은 하나 이상의 요소로 구성된다. 여러 분류학적 범주의 명명된 분류군 (아래에 제시됨) 각각은 명명표준이 있어야 한다. 이 규약에서 "표준"으로 지칭되는 명명표준은 올바른 명칭이든 나중 다른표준동의명이든 명칭과 영구적으로 결합하는 분류군의 요소이다. 명명표준이 항상 분류군의 가장 전형적이거나 대표적인 요소인 것은 아니다. 표준은 규정 16-22에서 다루어진다.

여러 분류학적 범주의 표준이 아래 표 2에 제시되어 있다.

표 2. 분류학적 범주

분류학적 범주	유형
아종 종	지정된 균주; 특수한 경우 설명, 보존된 시료, 삽화는 표준으로 간주될 수 있다. (규정 18a(1) 참고)
아속 속	지정된 종
아족 족
아과 과	상위 분류군의 명칭의 바탕이 된 속
아목 목
아강 강	포함된 목 중 하나

규정 16

분류균의 표준은 분류군의 명칭이 IJSEM에 출판될 때 저자에 의해 지정되어야 한다 (규정 15, 18a, b, f, 20a-c, 21a, 22, 27(3) 참고).

주. 규정 27(2)에 따라 이전에 실질적으로 출판된 설명을 참조로 하여 IJSEM에 명칭을 출판하고자 하는 저자도 해당 설명을 출판할 때에 표준을 지정하는 것이 권장된다.

주. 만약 이전의 실질적인 출판에서 표준이 지정되지 않은 경우 이 규약의 규정에 따라 IJSEM에서 유효한 출판을 할 때에는 반드시 표준이 지정되어야 한다.

규정 17

분류군이 이후 나뉘거나 다른 분류군과 통합되는 경우 분류군의 명칭은 표준에 따라 결정한다.

예시 : Ash et al. [5]는 Bacillus 속을 Bacillus 속과 Paenibacillus 속으로 나누는 것을 제안하였으며, 이때 표준종인 Bacillus subtilis를 포함한 속이 반드시 Bacillus라고 명명되어야 한다.

속이나 아속의 표준

규정 18a

가능하다면 언제나, 종이나 아종의 표준은 지정된 균주이다.

표준균주는 명명표준으로 지정된 균주로부터 유래된 살아있는 배양체이다. 균주는 순수 배양체로 유지되어야 하며 기존의 설명에 따른 특징과 일치하여야 한다 (제4장의 C 참고). 표준균주는 다양한 방법으로 지정될 수 있다 (규정 18b, 18c, 18d 참고).

2000년 12월 31일까지, 실험실 배양체로 보관되지 않았거나 표준이 존재하지 않는 종 (또는 아종)은 설명, 보존된 시료, 또는 삽화 (규정 18f도 참고)도 표준의 역할을 할 수 있다.

예시 : Oscillospira guilliermondii Chatton and Perard 1913는 배양되지 않았다.
2001년 1월 1일부터, 설명, 보존된 (독자 생존이 불가능한) 표본, 또는 삽화는 표준의 역할을 하지 못 할 수 있다.

규정 18b 기존 저자의 지정

만약 종이나 아종의 명칭에 대한 실질적인 출판을 한 저자가 표준균주를 확실하게 지정했다면, 해당 균주는 표준균주로 인정되며 정기준주라고 지칭될 수 있다.

규정 18c 신기준주의 지정

만약 기존 설명의 바탕이 되었던 균주를 찾을 수 없다면 신기준주가 제안될 수 있다.

신기준주는 명칭의 저자에 대한 인용, 설명이나 실질적으로 출판된 설명에 대한 참조, 그리고 상설 배양자원센터에 대한 균주 기탁 내역과 함께 IJSEM에 제안되어야 한다 (제안된 신기준주) (규정 24a의 주1도 참고).

저자는 기존 설명에서 사용된 균주를 주의 깊게 찾아보았으며 어느 것도 찾을 수 없었다는 것을 보여야 한다. 저자는 또한 기존 저자의 설명과 제안된 신기준주가 일치함을 입증하여야 한다.

신기준주는 IJSEM에 출판되고 2년 후에 확립되며 (확립된 신기준주), 이의가 없다면 신기준주 출판 후 1년 안에 사법위원회에 심리를 위하여 회부되어야 한다.

주. 용어 “균주”는 기존 설명에 묘사된 대상의 배양체, 또는 계대배양체를 지칭한다. 이는 유효한 출판물에 제시된 배양 자원번호를 가지고 있는 균주에만 한정된 것이 아니라, 기존 균주에서 의도적으로 파생된 임의의 모든 배양체를 포함한다.

예시 : Roop et al. [6]는 Campylobacter sputorum (Prévot 1940) Véron and Chatelain 1973 (Approved Lists 1980)에 대한 신기준주 (균주 VPI S-17=ATCC 35980)를 제안했는데, 표준균주 Forsyth ER33가 더 이상 현존하지 않았기 때문이다. 어떠한 이의도 없었으며 Campylobacter sputorum의 신기준주는 균주 VPI S-17=ATCC 35980이다.

규정 18d

신기준주로 제안되었으나 규정 18c (제안된 신기준주)의 필요 요건에 부합하도록 공식적으로 제안되지 않은 균주는 공식적으로 제안되고 확립되기 전까지는 명명법에서 지위가 없다.

규정 18e

만약 종의 표준을 구성해야 하는 기존 균주가 신기준주의 공식적인 제안 또는 확립 이후에 발견되었다면 해당 사항은 즉시 사법위원회로 회부되어야 한다.

규정 18f

만약 설명이나 삽화, 또는 죽었지만 보존된 시료가 종의 표준으로 지정되었고 (규정 18a(1)) 이후 이 종의 균주가 배양된 경우 해당 균주를 분리한 사람, 또는 후속 저자가 표준균주를 지정할 수 있다. 이 표준균주는 기존의 설명, 삽화 또는 보존된 시료를 명명표준에서 대체한다. 이 방식으로의 표준균주 지정은 반드시 IJSEM에서 출판되어야 하며 저자와 출판일에 대한 우선순위는 기존 저자의 명칭에 대한 실질적이고 유효한 출판에 의해 결정된다 (규정 24b).

규정 18g 표준균주나 신기준주의 특성 변화

만약 표준균주나 신기준주가 특성의 변화나 다른 이유에 의하여 부적합하게 된 경우, 해당 사항은 사법위원회에 회부되어야 하며, 해당 균주를 대체하기 위한 조치가 결정될 것이다.

규정 19 참조균주

참조균주는 표준균주나 신기준주는 아니지만 분류학적, 혈청학적, 화학적 시험과 같은 비교 연구에 사용되는 균주이다.

참조균주는 명명법에서 지위가 없지만 후속적인 조치에 따라 신기준주가 될 수 있다.

속의 표준

규정 20a

속이나 아속의 명명표준 (규정 15 참고)은 표준종으로 하나의 종이거나 명칭이 기존에 유효하게 출판되었을 때 포함된 종 중 하나이다. 오직 타당한 명칭만이 표준의 역할을 할 수 있다.

규정 20b 기존 저자의 지정

속명이나 아속명에 대한 실질적이거나 유효한 출판의 저자가 표준종을 지정했다면 그 종이 표준종으로 인정된다.

규정 20c 오직 하나의 종을 포함하는 속

속이 처음 출판되었을 때 오직 하나의 종만을 포함하였다면 그 종이 표준종이다.

규정 20d 후속 저자의 지정

속이 기존에 출판되었을 때 포함되었던 종 중 하나를 표준종으로 골라야 한다.

권고 20d

저자들이 표준을 고르는데 있어 다음과 같은 종을 배제할 것이 권고된다.

발견된 것이 의심스럽거나 특징이 불충분하게 묘사된 종

예시 : Lactobacillus caucasicus Beijerinck 1901 (오피니언 38; 사법위원회 [7]).
속에 속하는 것이 의심스러운 종

예시 : 아직 찾지 못함.
속에 대한 설명에 분명히 부합하지 않는 종

예시 : Halococcus litoralis (Poulsen) Schoop 1935.
어떤 식으로든 예외적인 종, 속에 대한 설명에 희귀하거나 특이하다고 서술된 특징을 갖는 종 등을 포함한다.

예시 : Pseudomonas mallei (Zopf) Redfearn et al. 1966 (Approved Lists 1980).

규정 20e 국제 합의를 통한 지정

만약 속명에 대한 실질적이거나 유효한 출판에서 저자가 명명한 종이 모두 인정되지 않는 경우, 곧 규정에 부합하는 적절한 표준종을 선택할 수 없는 경우, 사법위원회는 해당 속명이 거부된 명칭 (nomen rejiciendum)이며 명명법에서 지위가 없음을 분명히 말하는 오피니언을 발표할 수 있다 (규정 23a의 주4 참고).

예시 : 속명 Gaffkya Trevisan 1885 (오피니언 39; 사법위원회 [8])의 거부.
그러나 규정에 부합하는 적절한 표준종을 선택할 수 없었던 속명이 이후 명명된 적절한 종에서 쓰일 수도 있다. 이 경우 후자의 종 중 하나가 사법위원회의 오피니언을 통해 표준종으로 선택되어 확립될 수 있다. 속명은 표준종으로 선택된 종의 저자로 귀속된다.

예시 : Vibrio Pacini 1854와 그 표준종 Vibrio cholerae Pacini 1854 (Approved Lists 1980) (오피니언 31; 사법위원회 [9]).

규정 20f 새로운 속명 발표 시 표준종의 유지

이전의 명칭을 의도적으로 대체하기 위한 새로운 속명의 유효한 출판은 속의 표준종을 바꾸지 못한다.

예시 : Phytomonas라는 명칭을 대체하기 위해 (원생생물 속에서 이미 쓰이는 명칭이기 때문에 사용할 수 없었음) 명칭 Xanthomonas을 의도적으로 생성하여도 표준종을 바꾸지 못하며, 따라서 기존의 표준종이었던 Phytomonas campestris가 그대로 표준종 Xanthomonas campestris가 되었다.

아속의 표준

규정 20g

속과 그 표준아속은 같은 표준종을 공유한다.

예시 : Moraxella lacunata는 Moraxella 속의 표준종임과 동시에 Moraxella 속의 표준아속인 Moraxella의 표준종이기도 하다.

속부터 목까지의 분류군의 표준 (아족, 족, 아과, 과, 아목, 목)

규정 21a

속 초과 목 이하의 분류군의 명명표준 (규정 15 참고)은 해당 분류군의 명칭의 바탕이 되는 속의 타당한 명칭이다. 각 범주의 모든 분류군은 반드시 표준속을 가져야 한다. 표준속을 포함하는 분류군의 명칭은 반드시 표준속의 명칭의 어간에 적절한 접미사가 붙어 형성되어야 한다 (규정 9 참고).

예시: 목, Pseudomonadales; 아목, Pseudomonadineae; 과, Pseudomonadaceae; 족, Pseudomonadeae; 표준속, Pseudomonas.

규정 21b

만약 과의 명칭이 규정 21a에 따라 형성되지는 않았지만 명칭이 보존된 경우, 표준속은 사법위원회의 오피니언에 따라 고정된다.

예시 : Escherichia 속은 Enterobacteriaceae 과의 표준속이다 (오피니언 15; 사법위원회 [10]).

목보다 높은 분류군의 표준

규정 22

목보다 높은 분류군의 표준 (규정 15 참고)은 해당 분류군이 포함하고 있는 목 중 하나이며 만약 목이 하나라면 해당 목이 표준이 된다. 둘 이상의 목이 있다면 명칭을 제안하는 저자가 표준을 지정하여야 한다.

예시 : Firmibacteria 강의 Bacillales 목, Verrucomicrobiae 강의 Verrucomicrobiales 목.

만약 목보다 높은 분류군의 표준이 지정되지 않았다면 이후 사법위원회의 오피니언을 통해 지정될 수 있다.

예시 : 이 주제에 대해 어떠한 오피니언 (A–C, 1–96)도 다루지 않았다.

5절. 우선순위, 명칭의 실질적이고 유효한 출판

규정 23a

주어진 범위, 위치, 지위에 대하여 종 초과 목 이하인 분류군은 오직 하나의 올바른 명칭, 곧 이 규약의 규정에 부합하는 가장 앞선 명칭만을 지닐 수 있다.

종의 명칭은 속명과 종소명의 이원적 분류명이다 (규정 12a 참고). 주어진 위치에서 종은 오직 하나의 올바른 소명, 곧 이 규약의 규정에 부합하는 가장 앞선 소명만을 지닐 수 있다.

예시 : 종 Haemophilus pleuropneumoniae는 Haemophilus 속 안에서 해당 명칭을 지닌다. Actinobacillus 속에 위치할 때에는 Actinobacillus pleuropneumoniae라는 명칭을 지닌다.

주1. 종의 경우 규정 23a는 반드시 속명과 종소명에 독립적으로 적용되어야 한다. 종소명은 특정 종이 다른 속으로 옮겨지는 경우 옮겨질 속의 다른 종이나 아종의 명칭에 해당 종소명이 이미 사용되고 있지 않는 한 유지된다 (규정 41a 참고).

주2. 아종명은 속명, 종소명, 아종소명의 삼원적 분류명이다 (규정 13c 참고). 주어진 위치에서 아종은 오직 하나의 올바른 아종소명, 곧 이 규약의 규정에 부합하는 가장 앞선 아종소명만을 지닐 수 있다. 아종의 경우 규정 23a는 반드시 종소명과 아종소명에 독립적으로 적용되어야 한다. 아종소명은 아종이 다른 종으로 옮겨질 때 옮겨질 속의 다른 종이나 아종의 명칭에 해당 아종소명이 이미 사용되고 있지 않는 한 유지된다 (규정 41a 참고).

주3. 규약의 이전 개정본들은 모든 우선순위를 1753년 5월 1일을 기준으로 기산하였다. 1980년 1월 1일 이후, 규정 24a에 따라 모든 우선순위는 1980년 1월 1일을 기준으로 기산된다 (규정 24b도 참고).

주4. 사법위원회는 보존된 명칭 (nomina conservanda)의 목록이나 거부된 명칭 (nomina rejicienda)의 목록에 명칭을 추가함으로써 규정 23a에 예외를 둘 수 있다 (부록 4 참고). 사법위원회는 승인목록을 정정할 수 있다 (규정 24a 참고).

보존된 명칭 (nomen conservandum)이란 모든 앞선 동의명나 동음이명 대신에 사용되어야 하는 명칭이다. 거부된 명칭 (nomen rejiciendum)이란 분류군을 지정함에 있어 사용되지 말아야 할 명칭이다. 오직 사법위원회만이 명칭을 보존하거나 거부할 수 있다 (규정 56a, 56b 참고).
사법위원회가 발표한 명칭의 보존이나 명칭의 거부에 대한 오피니언은 다른 오피니언과 함께 IJSEM에서 출판된다. 오피니언에는 현재 일련번호가 매겨진다.

주5. 명칭과 소명은 다음과 같을 수 있다

타당함 – 규정에 부합함.
타당하지 않음 – 규정에 모순됨.
실질적으로 출판됨 – 과학계가 일반적으로 이용할 수 있는 인쇄물과/또는 전자자료 (규정 25 참고).
유효하게 출판됨 – 실질적으로 출판되었으며 분류군에 대한 설명이나 설명에 대한 참조, 그리고 다른 특정 필요 요건이 덧붙여진 경우 (규정 27–32 참고).
적절함 – 규정을 따르는 분류군에 반드시 적용되어야 하는 명칭.

규정 23b

명칭이나 소명의 기준일은 유효한 출판일이다. 우선순위의 측면에서, 오직 타당한 명칭과 소명만이 고려의 대상이 된다 (규정 32b, 54 참고).

규정 24a

이 규약의 규정에 부합하는 명칭이나 소명의 유효한 출판은 이 규약의 출판일로부터 기산한다.

출판의 우선순위는 1980년 1월 1일로부터 기산한다. 1980년 1월 1일보다 먼저 출판되었으며 세균학명승인목록에 포함된 명칭은 명명적 목적에 따라 모두 해당 날짜에 처음 유효하게 출판된 것으로 취급하고 기존의 표준은 유지한다 (그러나 규정 24b 참고).

주1. 1977년 12월 31일까지 출판된 다양한 분류학적 범주의 원핵생물 명칭은 분류학 전문가의 도움을 받아 사법위원회에 의해 평가되었다. 명칭 목록은 기존에 명칭을 제안했던 저자들과 함께 준비되었다. 세균학명승인목록은 ICSB에 의해 승인되었고 1980년 1월 1일 IJSB에서 출판되었다. 1978년 1월 1일과 1980년 1월 1일 사이에 유효하게 출판된 명칭은 세균학명승인목록에 포함되었다 (부록 2 참고).

승인목록에는 더 이상 명칭이 추가되지 않을 것이다. 1980년 1월 1일 이전에 유효하게 출판되었지만 승인목록에 포함되지 않은 명칭은 더 이상 명명법에서의 지위를 갖지 않는다. 이들은 거부된 명칭의 목록에 추가되지 않았으며 새로운 분류군을 명명하는데 다시 사용할 수 있다. 만약 특정 명칭이 과거나 현재에 동의명이나 균주 명칭으로 사용되는 등의 다른 이유로 혼동을 일으킬 수 있는 경우 명칭의 재사용을 권장하지 않는다.

세균학명승인목록은 가능한 경우 각 명칭에 대해 실질적으로 출판된 설명에 대한 참조와 표준을 포함하고 있다. 표준균주를 구할 수 있는 종이나 아종의 경우, 이를 얻을 수 있는 배양자원센터와 균주의 명칭이 제시되어 있다. 만약 표준균주를 구할 수 없다면 참조균주나 참조물질이 가능한 경우 제시되어 있다. 목록에 대하여 신기준주가 규정 18c에 따라 제안될 수도 있다 (승인목록의 명칭에 대한 인용은 규정 33b, 34a 참고)

주2. 승인목록은 같은 표준에 대해 하나 이상의 명칭 (같은표준동의명)을 포함할 수도 있다. 이는 목록의 명칭이 현재의 박테리아 명명법과 분류법에서 합리적이라고 여겨지는 명칭을 나타내기 때문이며 동시에 많은 세균학자들의 각기 다른 분류학적 견해를 나타내기 때문이다.

주3. 동의명은 같은표준동의명 (둘 이상의 이름이 한 표준과 연관된 경우)이나 다른표준동의명 (다른 명칭이 다른 표준과 연관되어 있으나 관련 세균학자의 의견으로는 동일한 분류군에 속하는 경우)일 수 있다. 가장 먼저 출판된 동의적 명칭은 앞선 동의명이라고 하며 이후에 출판된 동의적 명칭은 나중 동의명이라고 한다.

승인목록에서 같은표준동의명의 출판은 현재의 다양한 세균학 문헌에서의 같은표준동의명의 유효한 출판보다 원핵생물 명명법에 영향을 더 미치지 않는다.

예시 : 같은표준동의명 – Pseudomonas mallei (Zopf 1885) Redfearn et al. 1966 (Approved Lists 1980)와 Burkholderia mallei (Zopf 1885) Yabuuchi et al. 1993는 같은 표준을 바탕으로 한 것이다. 다른표준동의명 – Kelly와 Wood [11]는 Thiobacillus concretivorus Parker 1945를 Thiobacillus thiooxidans Waksman and Joffe 1922의 나중 다른표준동의명으로 여긴다. 이 두 종은 다른 표준을 갖는다.

규정 24b

만약 두 명칭이 우선순위에서 경쟁하며 두 명칭이 모두 승인목록에서 1980년 1월 1일을 기준으로 한다면 우선순위는 1980년 1월 1일의 이전의 실질적인 출판일로 결정한다.

두 명칭이 출판된 날짜가 같은 경우, 우선순위는 쪽 번호로 결정한다. 이 또한 우선순위를 결정하지 못하는 경우 실질적인 출판물의 출판 순서를 통해 결정한다.

예시 : Caulobacter halobacteroides Poindexter 1964와 Caulobacter maris Poindexter 1964는 같은 쪽에서 서술되었다.
만약 1980년 1월 1일 이후에 출판된 (따라서 1980년의 승인목록, 또는 1984년의 정오표에 포함되지 않은) 두 명칭이 우선순위를 경쟁하는 경우 우선순위는 유효한 출판일이나 IJSEM에서의 명칭 발표일에 따라 결정된다. 두 명칭이 IJSEM의 같은 이슈에서 나타난다면 우선순위는 쪽 번호에 있으며 같은 이슈의 더 작은 쪽 번호에 등장한 명칭이 앞선 것으로 간주된다. 쪽 번호가 우선순위를 결정하지 못한다면 우선순위는 IJSEM에 개제된 원본 논문의 유효한 출판에서의 순서에 따라 결정될 것이다. 두 명칭이 다른 저널에서 실질적으로 출판되었고 IJSEM의 유효목록을 통해 발표되어 유효하게 출판되었다면 우선순위는 목록의 순차번호를 통해 정한다.

주1. 규정 24b(2)를 가장 공정한 방식으로 시행하기 위하여, 유효목록에 포함되기 위하여 제출된 명칭에는 출판이 승인된 형식으로 유효성 평가 요청을 받은 날짜를 반영하는 순차번호가 포함된다.

예시 : Koch et al. [12]는 Rhodococcus erythropolis (Gray and Thornton 1928) Goodfellow and Alderson 1979 (Approved Lists 1980)를 Arthrobacter picolinophilus Tate and Ensign 1974 (Approved Lists 1980)의 앞선 다른표준동의명으로 여긴다.

예시 : Sly et al. [13]는 Streptococcus caprinus Brooker et al. 1996를 Streptococcus gallolyticus Osawa et al. 1996의 다른표준동의명으로 여긴다. Streptococcus gallolyticus (Validation List no. 56, priority number 2)는 Streptococcus caprinus에 대하여 우선순위에서 앞선다 (Validation List no. 56, priority number 7).

규정 24c

사법위원회는 이전에 승인목록으로 출판된 명칭을 거부된 명칭 (nomina rejicienda)의 목록에 올릴 수 있다.

규정 25a 실질적인 출판

실질적인 출판은 영구적인 기록을 제공할 목적으로 인쇄물과/또는 전자자료를 과학계에 판매하거나 배포하여 일반적으로 구할 수 있게 함으로써 이 규약에 따라 실질성이 생긴다.

새로운 분류군의 명칭이 다수의 세균학계의 종사자들에게 익숙치 않은 언어로 작성되어 출판되는 경우, 저자는 출판물에 영어로 된 설명을 포함하는 것이 권장된다.

주. 전자출판은 이 규약에서 허용하는 인쇄물 출판의 전통을 따라야 한다.

규정 25b

규정 25a에 제시되지 않은 그 어떤 출판 형태도 실질성이 인정되지 않으며 다음도 인정되지 않는다.

회의, 회의록, 또는 1950년 이후의 회의 중에 발표된 논문의 초록을 통해 새 명칭에 대해 소통하는 경우.
표본의 시료나 표본의 목록 또는 범주에 명칭을 배정하는 경우.
마이크로필름, 마이크로카드, 또는 비슷한 방식으로 복제된 물질을 배포하는 경우.
비과학적인 정기간행물이나 1900년 이후의 소모성 간행물, 뉴스레터, 신문에 실린 보고서.
공개된 특허 출원이나 발행된 특허에 있는 새로운 원핵생물 분류군의 명칭을 포함하는 경우.
출판에 앞서 전자자료를 먼저 제공하는 경우 (예를 들어 출판 중인 논문이나 미발표 원고를 전자 형식으로 제공하는 경우).

규정 26a 출판일

과학 저작물의 출판일은 인쇄물과/또는 전자자료가 출판된 날짜이다. 명칭이나 소명을 포함하는 저작물의 출판일은 반증이 없는 이상 정확하다고 여겨야 한다.

규정 26b

출판물에 논문 출판 승인일이 나와있다고 해도 그것이 출판물의 실질적인 출판일을 의미하는 것은 아니며 명칭 출판의 우선순위를 결정하는데 아무런 영향을 주지 못한다.

유효한, 또는 유효하지 않은 출판물

규정 27

새로운 분류군의 명칭, 또는 기존 분류군에 대한 새로운 분류명은 다음을 만족하지 않는다면 유효한 출판이 아니다.

명칭이 IJSB/IJSEM에서 출판되었다.
IJSB/IJSEM에서의 명칭의 출판과 더불어 분류군에 대한 설명이나 이전의 실질적으로 출판되었던 분류군에 대한 설명에 대한 참조가 포함되었다 (규정 16, 25a, 25b, 속과 종에 대해서는 규정 29–32 참고). 2001년 1월 1일부터는 다음 조건도 적용된다.
- a. 새로운 명칭이나 새로운 분류명은 명확하게 명시되고 다음과 같이 나타내어져야 한다 (fam. nov., gen. nov., sp. nov., comb. nov., 등).
- b. 새로운 명칭의 유래 (또는 어원)가 반드시 주어져야 한다. (필요하다면 새로운 분류명에 대해서도)
- c. 분류군의 특징은 (a)와 (b) 바로 뒤에 묘사되어야 한다. 이는 동일한 출판물의 표나 도표에 대한 참조나 이전에 실질적으로 출판된 저작물에 대한 참조를 포함할 수 있다.
- d. (c)에 포함된 모든 정보는 이용하기 쉬워야 한다.
분류군의 표준이 반드시 지정되어야 한다 (규정 15, 16, 18a, b, f, 20a-c, 21a, 22 참고). 새로운 분류명을 포함하는 종이나 아종의 경우, 규정 30에 따라 표준균주가 반드시 기탁되어야 한다.

주1. 분류군의 명칭에 대한 유효한 출판은 분류군의 명칭에 대한 IJSB/IJSEM에서의 출판, 그리고 IJSB/IJSEM이나 다른 출판물에서의 실질적으로 출판된 설명에 대한 참조를 필요로 한다. 유효한 출판일은 IJSB/IJSEM에서의 출판일이다. 명칭은 이전에 출판된 설명에서 언급되었을 수도 있지만 IJSB/IJSEM에서의 출판 전까지는 유효하게 출판된 명칭이 아니다.

만약 새로운 명칭이나 새로운 분류명에 대한 최초의 제안이 IJSB/IJSEM에서 실질적으로 출판되지 않았다면, IJSB/IJSEM에서의 명칭의 유효한 출판 (유효목록에서의 선언)은 주로 위의 규정 27(2)와 (3)의 필요요건과 함께 명칭이나 분류명의 저자의 책임이다. 그러나 다른 개인도 이 규약의 규정을 준수하는 경우 유효한 출판을 위하여 새로운 명칭이나 새로운 분류명을 제출할 수 있다.

사법위원회의 요청에 따라 IJSB/IJSEM은 저널의 이슈에서 발생한 모든 명명적 변화와 분류학적 오피니언의 변화를 수록한 공고목록을 제공한다. 이 목록은 원핵생물 명명법에 있어 공식적인 자격은 없지만, 예외적으로 철자법 수정이 이루어질 수는 있다.

새로운 분류군의 명칭의 경우 (이미 소개된 분류군의 새로운 분류명이 아닌 경우), 실질적인 출판이나 유효한 출판에서 표준이 반드시 지정되어야 한다. 종이나 아종의 표준은 공인된 배양자원센터에 기탁될 것과 [규정 30 (3a), (3b) 참고] 분류군에 대한 설명이 최소한의 기준을 만족할 것이 권장된다 (권고 30 참고).

주2. 새로운 속에 대한 제안이 새로운 종, 또는 새로운 분류명으로 이어질 때 속명과 새로운 종명, 또는 새로운 분류명은 반드시 유효하게 출판되어야 한다. 새로운 종이나 새로운 분류명만의 유효한 출판은 새로운 속의 유효한 출판으로 여겨지지 않는다.

규정 28a

1980년 1월 1일 이후 새로운 명칭을 유효하게 출판하는 저자는 거부된 명칭에 포함되지 않는다면 1980년 1월 1일 이전에 출판되었지만 세균학명승인목록에 수록되지 않은 명칭을 부활시킬 수 있다 (규정 24a 참고). 명칭은 기존에 해당 명칭이 적용되었던 분류군과의 연관성과 무관하게 사용할 수 있다.

명칭에 대한 권한은 반드시 새로운 저자가 주장하여야 한다. 그러나 만약 명칭이 부활된 명칭이며 기존의 저자에 의해 주어진 범위, 지위, 위치가 같은 분류군을 설명하기 위해 사용된다는 것을 저자가 나타내고 싶다면, 약어 "nom. rev." (부활한 명칭)을 첨가함으로써 행해질 수 있다 (규정 33c 참고).

제안은 저자가 제안한 분류군이 다른 알려진 분류군과 충분히 달라 명칭의 부활이 타당하다고 생각하게 한 특징에 대한 서술이나 목록과 같은 간단한 진단을 포함하여야 한다. 서술에 포함된 데이터는 이전의 설명에서 따올 수 있으며, 적절하다면 최신 데이터를 포함해도 된다. 분류군에 대한 설명과 명칭의 유래는 반드시 규정 27(2)의 필요요건을 만족하여야 한다. 표준 역시 반드시 지정되어야 한다 [규정 27(3) 참고].

주1. 1980년 1월 1일 이전에 출판된 새로운 명칭은 명칭이 세균학명승인목록에 포함된 경우에만 이미 유효하게 출판되었다고 간주된다.

주2. 부활한 명칭도 새로운 명칭으로 취급되기 때문에 이들도 유효한 출판을 필요로 하며 부활한 명칭에 대한 우선순위는 IJSEM에서의 출판일에 따라 결정된다 (규정 27 참고).

주3. 1980년 1월 1일 이전의 명칭의 출판과 실질적으로 출판된 설명을 찾아보는 것은 더 이상 필요하지 않다. 세균학명승인목록은 새로운 원핵생물 명명법과 분류법의 기초를 형성한다.

규정 28b

명칭이나 소명은 다음의 경우에 유효한 출판이 아니다.

저자가 출판했을 당시에 받아들여지지 않은 경우.

예시 : Muellerina de Petschenko 1910 (오피니언 10; 사법위원회 [14]). 의문점이나 분류학적으로 의심스럽다는 지적이 있지만 저자가 받아들이지 않은 명칭이나 소명은 유효하게 출판된 것이 아니다.
단지 관련된 분류군이나 명명되는 분류군의 특정 범위, 위치나 지위가 미래에 수용될 것이라는 예측, 또는 몇 가설적인 분류군이 미래에 발견될 것이라는 예측에 따라 제안된 경우.

예시 : (a) Clostridium Fischer 1895 (오피니언 20; 사법위원회 [15]); (b) Corynebactenum hemophilum Svendsen et al. 1947. “피에 친화적인 균주의 특성은 명칭을 만드는데 사용될 수도 있으며, 추가 조사가 종의 지위를 정당화하는 경우를 준비하여 Corynebacterium hemophilum이라는 명칭을 제안한다”.
부수적으로 언급된 경우. 새로운 명칭의 부수적인 언급은 저자가 새로운 명칭이나 분류명을 제안하고 있다는 것을 명확하게 서술하거나 나타내지 않은 경우를 의미한다.

예시 : (a) Pseudobacterium Trevisan 1888. (b) Raj [16]는 다음과 같이 서술하였다: “또한, 최근 잠정적으로 Microcyclus marinus라고 명명된 또다른 생명체가 바다에서 분리되었다.”

단형속을 포함한 속의 명칭이나 아속의 명칭의 유효한 출판

규정 29

속명이나 아속명이 유효하게 출판되기 위해서는 다음을 반드시 따라야 한다.

명칭은 반드시 규정 27과 28b에 따라 출판하여야 한다.
명명된 속이나 아속은 하나 이상의 묘사된 종이나 이전에 묘사된 종을 포함하여야 한다.

속이나 아속에 대한 새로운 설명 대신 아속으로서의 속 (또는 속으로서의 아속)에 대한 이전의 실질적으로 출판된 설명에 대한 참조가 주어질 수 있다.

예시 : 아직 찾지 못함

하나의 종만을 포함하는 속의 경우, 속과 종의 설명이 합쳐져서 주어질 수 있다.

예시 : Propioniferax innocua (Pitcher and Collins 1992) Yokota et al. 1994, 또는 Lamprocystis roseopersicina (Kützing 1849) Schroeter 1886 (Approved Lists 1980).

권고 29

속이나 아속에 대한 설명은 해당 속이나 아속이 관련된 속이나 아속과 어느 부분에서 차이를 나타내는지 언급하여야 한다. 가능하다면, 이들이 속하는 과가 언급되어야 한다.

종의 명칭의 유효한 출판

규정 30

종의 명칭이 유효하게 출판되기 위해서는, 다음을 만족하여야 한다.

규정 27와 28b에 부합하게 출판되어야 한다.
속명과 뒤따르는 단일 종소명의 이원적 분류명으로 구성되어 출판되어야 한다 (규정 12a 참고).
- 2000년 12월 31일까지, 새로운 종의 명칭을 출판하기 전에, 표준균주의 배양체 (또는 만약 종이 배양 불가능하다면 표준물질, 사진이나 삽화, 규정 18a 참고)는 손쉽게 이용할 수 있는 하나 이상의 상설 배양자원센터에 기탁되어야 한다. 배양자원센터가 균주에 할당한 명칭은 출판된 설명에 제시되어야 한다.
- 2001년 1월 1일부터, 이전의 독자생존 배양체로 대표되던 새로운 종이나 새로운 분류명에 대한 설명은 표준균주의 지정을 포함하여야 하며 (규정 18a 참고), 균주의 독자생존 배양체는 공적으로 접근 가능하며 계대배양체를 반드시 구할 수 있는 둘 이상의 서로 다른 나라의 배양자원센터에 기탁되어야 한다. 배양자원센터가 균주에 할당한 명칭은 출판된 설명에 제시되어야 한다. 배양체가 현존하며, 독자적으로 생존할 수 있고, 출판 시점에서 구할 수 있었다는 증거가 제시되어야 한다.
  
  주. 예외적인 경우, 곧 생명체에 특수 시설이 필요한 경우 (예를 들어 생물안전 3등급 시설, 고압 환경 등) 등은 규정에 예외로 적용될 수 있다. 예외는 각각의 기준에 따라 ICSP 위원장, 사법위원회 위원장과 IJSEM 편집장로 구성된 회의에서 독립적으로 고려될 것이다. 예외는 출판 시 알려지도록 할 것이다.
안전기탁, 또는 현재 시점에 특허의 목적으로 단독으로 기탁되어 접근이 제한되어 있는 균주들은 표준균주의 역할을 할 수 없다.

권고 30

새로운 종의 명칭과 설명이 출판되기 전에, 검토와 설명은 가능하다면 관련된 원핵생물 분류군에서 요구하는 최소한의 기준에 부합하여야 한다.

주1. 최소한의 기준의 목록은 IJSEM에서의 출판을 위한 사법위원회와 ICSP의 검토를 위해 사법위원회의 요청에 따라 각 원핵생물 그룹에서 전문가에 의해 준비되고 있다 (부록 6 참고). 이 기준은 종을 진단하기 위한 실험, 곧 다른 종과 구분되는 특징이 나타나는 실험과 속의 특징을 확립하는 실험을 포함한다.

주2. 최소한의 기준은 분류군 설명에 조언을 구하는 분류학자들에게 길잡이를 제공하는 것을 목적으로 한다. 그러나 이 기준이 원칙 1(4)에 상충되는 방식으로 적용되지는 않을 것이다.

규정 31a

설명이 명백히 모호하고 분류군 명칭의 정확한 적용을 위하여 비판적으로 식별할 수 없는 경우 종이나 아종의 명칭은 유효하게 출판되지 않는다.

예시 : (a) ‘Methanobacillus omelianskii’ Bryant et al. 1967의 경우 설명이 모든 구성 종을 포함하였으나 단일 종으로 취급되었기 때문에 타당하지 않다; (b) Syntrophobacter wolinii Boone and Bryant 1984의 경우, 종에 대한 설명이 수소 생산 생명체와 영양공생적 관계를 맺는 한 대상에게만 적용되기 때문에 타당하지 않다.

규정 31b

공동체의 명칭은 이 규약에서 제한하는 대상이 아니며 이런 명칭은 명명법에서 어떠한 지위도 지니지 않는다.

예시 : Cylindrogloea bacterifera Perfiliev 1914.

주. 공동체는 둘 이상의 생명체의 집합체, 또는 연합체이다.

아종의 명칭의 유효한 출판

규정 32a

아종의 명칭이 유효하게 출판되기 위해서는 다음을 만족하여야 한다.

반드시 규정 27과 28b에 따라 출판되어야 한다.
반드시 속명, 단일 종소명, 지위를 나타내기 위한 약어 "subsp.", 단일 아종소명이 순차적으로 결합된 삼원적 분류명으로 출판되어야 한다 (규정 13a 참고).

예시 : Bacillus subtilis subsp. subtilis.
저자는 아종이 명명된다는 것을 분명하게 나타내야 한다.

권고 32a

권고 30은 "종"을 "아종"으로 바꾸어 아종의 명칭에도 적용된다.

종소명이나 아종소명의 출판

규정 32b

종소명 (또는 아종소명)은 종 (또는 아종)의 명칭에서 속명이 타당하지 않게 출판되어도 타당하지 않아지지는 않는다 (제3장, 8절과 규정 20f의 예시도 참고).

6절. 저자와 명칭의 인용

새로운 분류군의 명칭에 대한 제안과 이후의 인용

규정 33a

저자는 해당되는 범주의 적절한 약어을 추가함으로써 새로운 분류군에 제안되는 명칭을 나타내야 한다.

주1. 적절한 약어는 다음과 같다: 새로운 목에는 “ord. nov.”, 새로운 속에는 “gen. nov.”, 새로운 종에는 “sp. nov.”, 새로운 분류명에는 “comb. nov.”. 유사한 약어는 필요한 경우 형성될 수 있다.

주2. 비록 라틴어 단어나 약어가 주로 이텔릭체로 인쇄되지만, 위와 같은 약어가 라틴어 학명 뒤에 오는 경우 학명과 구분하고 약어를 부각시키기 위하여 로마체나 볼드체로 자주 인쇄된다.

예시 : 목, Actinomycetales ord. nov.; 과, Actinomycetaceae fam. nov.; 속, Actinomyces gen. nov.; 종, Actinomyces bovis sp. nov.

규정 33b

이전에 제안된 분류군의 명칭에 대한 인용은 최초로 출판한 저자(들)의 이름과 출판 연도를 모두 포함하여야 한다. 만약 명칭에 둘 이상의 저자가 있다면 인용은 1 저자와 "et al.", 그리고 출판 연도를 포함한다.

예시 : Actinomyces bovis Harz 1877 (Approved Lists 1980); Acetobacterium woodii Balch et al. 1977 (Approved Lists 1980).

주1. 명칭에 대한 올바른 인용은 출판일을 확인하고, 기존의 설명을 찾으며, 서로 다른 생명체에 대해 서로 다른 저자가 사용한 명칭을 구별할 수 있도록 해준다.

예시 : Mycobacterium terrae Tsukamura 1966가 아닌 Mycobacterium terrae Wayne 1966 (Approved Lists 1980)이다.

주2. 출판물의 완벽한 인용은 비록 요약이나 초록에 제안된 명칭이 언급되어있더라도 요약이나 초록이 아닌 명칭이 제안된 과학 저작물에서의 쪽 수에 대한 참조를 포함하야 한다.

예시 : Bacillus subtilis (Ehrenberg 1835) Cohn 1872, 174. “174”쪽은 Cohn의 출판물 [17]에서 새로운 분류명에 대한 제안이 등장하는 쪽이다.

주3.

승인목록에 포함된 명칭의 인용은 괄호로 둘러쌓인 "Approved Lists"가 뒤에 붙도록 함으로써 기존 저자의 이름과 출판일을 포함할 수 있다.

예시 : Bacillus cereus Frankland and Frankland 1887 (Approved Lists 1980); Bacillus subtilis (Ehrenberg 1835) Cohn 1872 (Approved Lists 1980).
그 대신에, 승인목록에 포함된 명칭은 괄호로 둘러쌓인 ‘‘Approved Lists’’를 추가함으로써 간단히 인용할 수 있다.

예시 : Bacillus cereus (Approved Lists 1980); Bacillus subtilis (Approved Lists 1980).
만약 승인목록에 대한 명시가 없지만 해당 목록에 명칭이 포함되었다는 것이 암시되었다면, 약어 ‘‘nom. approb.’’ (nomen approbatum)가 분류군의 명칭 뒤에 덧붙여질 수 있다.

예시 : Bacillus subtilis nom. approb.

규정 33c

1980년 1월 1일 이전에 출판되었지만 승인목록에 포함되지 않은 명칭이나 소명이 이전과 다르거나 동일한 분류군에 대하여 제안된 경우 명칭이나 소명은 제안한 저자에게 귀속되어야 하며 (규정 28a), 인용은 규정 33a, 33b, 34a, 34b에 따라 이루어져야 한다.

주1. 명칭이나 소명이 저자의 의견에 의하여 이전과 동일한 분류군으로 부활한 경우, 저자는 이를 규칙 33a에 제시되어있는 관련된 범주의 올바른 약어의 뒤에 약어 ‘‘nom. rev.’’ (nomen revictum)을 추가함으로써 하여도 된다.

예시 : Actinobacillus seminis sp. nov., nom. rev., 또는 Leptothrix discophora sp. nov., nom. rev.

주2. 저자가 부활한 명칭에 대해 기존 저자의 이름을 나타내고 싶다면, 분류군 명칭에 대한 ‘단어 "ex", 기존 저자의 이름, 출판일을 괄호 안에 넣어 인용 뒤에 추가하고, 그 뒤에 약어 ‘‘nom. rev.’’를 추가함으로써 하여도 된다.

예시 : Leptothrix discophora (ex Schwers 1912) nom. rev. 이 부활한 명칭을 인용하는 후속 저자는 Leptothrix discophora Spring et al. 1997나 Leptothrix discophora (ex Schwers 1912) Spring et al. 1997와 같은 인용을 할 것이다.

주3. 저자가 재사용된 명칭이 다른 분류군에 사용된다는 것을 나타내고 싶다면, non’’ (또는 ‘‘not’’)과 해당 명칭을 처음 사용한 저자의 이름과 출판 연도를 명칭과 저자와 출판일에 대한 인용 뒤에 추가함으로써 나타낸다.

예시 : Achromobacter Yabuuchi and Yano 1981 non Achromobacter Bergey et al. 1923.

규정 33d

명칭이 규정 33c에 따라 부활한다면 새로운 분류명으로 부활하여도 된다. 곧 명칭이 부활한 시점에 부활한 종이 다른 속으로 옮겨질 수도 있으며 부활한 아종이 다른 종으로 옮겨질 수도 있다. 기존의 분류명에서 명칭을 우선적으로 부활시킬 필요는 없다.

예시 : ‘Actinobacterium meyeri’는 Cato et al. [18]에 의해 Actinomyces 속의 종인 Actinomyces meyeri (ex Prévot 1938) Cato et al. 1984 nom. rev., comb. nov.으로 부활하였다. 후속 저자는 이를 Actinomyces meyeri (ex Prévot 1938) Cato et al. 1984으로 인용하여도 된다.

새로운 분류명의 제안과 이후의 인용

규정 34a

저자가 종을 다른 속으로 옮기는 경우 (규정 41), 또는 아종을 다른 종으로 옮기는 경우 옮기는 저자는 약어 ‘‘comb. nov.’’ (combinatio nova)를 인용 뒤에 추가함으로써 새로운 분류명의 형성을 나타내야 한다.

이러한 형태의 인용은 저자가 기존의 종소명을 새로운 분류명에서도 유지하는 경우에 사용되어야 한다. 그러나 저자가 부득이하게 동음이의성을 피하기 위하여 새로운 종소명으로 대체해야 한다면 약어 ‘‘nom. nov.’’ (nomen novum)가 추가되어야 한다 [규정 41a(1) 참고]. 이때 기존의 명칭은 기본명이라고 한다.

예시 : Anaerovibrio glycerini Schauder and Schink 1996; Anaerosinus glycerini (Schauder and Schink 1996) Strömpl et al. 1999.

주1. 저자가 승인목록에 포함된 종을 다른 속으로 옮기는 경우 새로운 분류명에 대한 제안은 약어 ‘‘comb. nov.’’ (combinatio nova)와 괄호로 감싼 승인목록에 나타나는 형태의 해당 명칭을 추가함으로써 이루어져야 한다.

예시 : Pseudomonas saccharophila Doudoroff 1940는 승인목록에 나타나며 Xie와 Yokota [19]에 의해 Pelomonas 속으로 옮겨졌다. 이때 Xie와 Yokota의 제안은 다음과 같다: Pelomonas saccharophila (Doudoroff 1940) comb. nov. Pseudomonas saccharophila (Approved Lists 1980). 이 제안을 인용하는 다른 저자는 Pelomonas saccharophila (Doudoroff 1940) Xie and Yokota 2005 comb. nov. (Pseudomonas saccharophila Approved Lists 1980)으로 인용하여야 한다.

규정 34b

이전에 제안되었던 새로운 분류명을 인용하는 경우 괄호로 감싼 기존 저자의 이름을 포함하여야 하며 그 뒤에 새로운 분류명을 제안한 기존 저자의 이름과 새로운 분류명의 출판 연도를 추가하여야 한다.

예시 : Microbacterium oxydans (Chatelain and Second) Schumann et al. 1999, 또는 Microbacterium oxydans (Chatelain and Second 1966) Schumann et al. 1999.

주1. 기존 저자의 출판일을 포함하는 것은 선호되지만 날짜는 새로운 분류명을 제안하는 저자의 출판물에서 찾을 수 있을 것으로 기대되기 때문에 가끔 생략되기도 한다.

예시 : Microbacterium oxydans (Chatelain and Second 1966) Schumann et al. 1999는 Microbacterium oxydans (Chatelain and Second) Schumann et al. 1999보다 선호된다.

주2. 그러나 저자가 부득이하게 동음이의성을 피하기 위하여 새로운 종소명으로 대체해야 한다면 [규정 41a(1) 참고], 기존 종소명의 저자의 이름은 생략된다.

예시 : Flavobacterium hydatis Bernardet et al. 1996는 옳지만, Flavobacterium hydatis (Strohl and Tait 1978) Bernardet et al. 1996는 옳지 않다 [설명을 위해 규정 41a(1)의 예시 참고].

규정 34c

아종부터 속까지의 분류군이 지위의 변화가 있으나 명칭이나 소명을 유지하는 경우, 반드시 괄호로 감싼 기존 저자가 변화에 영향을 준 저자의 이름과 그 출판 연도 앞에 인용되어야 한다.

예시 : Bifidobacterium globosum (ex Scardovi et al. 1969) Biavati et al. 1982에서 Bifidobacterium pseudolongum subsp. globosum (Biavati et al. 1982) Yaeshima et al. 1992으로 바뀜.

범위가 수정된 분류군의 명칭에 대한 인용

규정 35

진단적 특징이나 분류군 범위의 변화가 분류군의 본질을 바꾼다면, 저자 인용 뒤에 약어 ‘‘emend.’’ (emendavit)와 변화에 책임이 있는 저자의 이름을 추가함으로써 책임이 있는 저자를 나타낼 수 있다.

예시 : Rhodopseudomonas Czurda and Maresch 1937 emend. van Niel 1944 (오피니언 49; 사법위원회 [20] 참고).

표준을 배제하기 위한 보존된 명칭의 인용

규정 36

표준을 배제하기 위하여 보존된 명칭은 기존 저자가 아닌 명칭의 보존된 개념의 저자에게 귀속된다.

예시 : Aeromonas 속의 표준종은 의심스러운 명칭으로 거부되었다. (오피니언 48; 사법위원회 [21]). 속명 Aeromonas는 현재 새로운 표준종 A. hydrophila와 함께 Kluyver and van Niel 1936가 아닌 Stanier 1943에게 귀속된다.

7절. 이동, 통합, 지위의 변화에 의한 분류군의 명칭의 변화

규정 37a

분류군의 명명표준이 배제되었다면 분류군의 명칭은 반드시 바뀌어야 한다.

예시 : Micropolyspora Lechevalier et al. 1961 속의 표준종 Micropolyspora brevicatena Lechevalier et al. 1961를 Nocardia 속으로 옮기는 과정에서, Goodfellow와 Pirouz [22]는 Micropolyspora 속에서 옮겨졌어야 하는 Micropolyspora angiospora Zhukova et al. 1968, Micropolyspora faeni Cross et al. 1968 Micropolyspora internatus Agre et al. 1974, Micropolyspora rectivirgula (Krasil'nikov and Agre 1964) Prauser and Momirova 1970의 분류학적 위치에 대한 해결책을 제공하지 않았다.
표준을 배제한 명칭의 유지는 오직 보존의 측면에서만, 그리고 오직 사법위원회에 의해서만 효력이 발생한다 (규정 23a도 참고). 새로운 표준은 보존되는 시점에 사법위원회에 의해 확립된다.

규정 37b

분류군의 명칭의 변화는 진단적 특징이나 범위의 변화로는 정당화될 수 없다. 명칭의 변화는 다음 중 하나에 의해 필요할 수 있다.

사법위원회의 오피니언 [위의 규정 37a(2) 참고].
분류군의 이동 (규정 41 참고).
다른 분류군과의 통합 (규정 42–44, 47a, 47b).
지위의 변화 (규정 48, 49, 50a, 50b).

규정 38

같은 지위의 둘 이상의 분류군이 통합되는 경우, 통합된 분류군의 명칭 (분류군에 대한 표준도)은 출판의 우선순위에 따라 택해진다.

예시 : White [23]는 Eberthella Bergey et al. 1923 [20]를 Salmonella Lignières 1900와 통합하였고 앞선 명칭인 Salmonella를 유지했다.

주. Eberthella는 Bergey et al. [24]에 의해 아속명 Eberthella Buchanan 1918에서 속으로 격상되었다.

만약 이 선택이 세균학에 혼란을 주게 된다면, 저자는 사법위원회에 이 문제를 회부하여야 한다. (종보다 높은 지위의 분류군에 대해서는 규정 47a도 참고).

예시 : 아직 찾지 못함.

속을 여러 속이나 아속으로 분리하는 경우, 아속을 여러 아속으로 분리하는 경우

규정 39a

속이 둘 이상의 속이나 아속으로 분리되는 경우, 이들 중 하나의 속명은 반드시 유지되어야 한다. 만약 이전의 출판에서 명칭이 유지되지 않았다면 이는 규정 39b에 따라 반드시 재확립되어야 한다. (아속이 속으로 격상된 경우 규정 49 참고).

예시 : Ash et al. [5]는 Bacillus 속을 Bacillus 속과 Paenibacillus 속으로 분리하는 것을 제안하였으며 이때표준종인 Bacillus subtilis를 포함하는 속이 Bacillus라고 명명되어야 한다.

규정 39b

특정 종이 표준으로 지정되었다면 속명은 해당 종을 포함하는 속에서 유지되어야 한다. 만약 표준이 지정되지 않았다면, 표준을 반드시 지정하여야 한다 (편집자 주: 미래에는 필요하지 않을 지도 모른다, 규정 27 참고).

규정 39c

규정 39a와 39b의 원칙은 아속이 둘 이상의 아속으로 분리되는 경우에도 적용된다. 기존 아속명은 그 표준종을 포함하는 아속에서 유지되어야 한다.

종을 종이나 아종으로 분리하는 경우, 아종을 아종으로 분리하는 경우

규정 40a

종이 둘 이상의 종이나 아종으로 분리되는 경우 기존 종의 종소명은 분리된 종 중 하나에서 유지되어야 하며, 또는 만약 이전의 출판에서 소명이 유지되지 않은 경우 이는 재확립되어야 한다. (아종이 종으로 격상된 경우 규정 50a 참고).

규정 40b

종소명은 표준균주를 포함하는 종이나 아종에서 유지되어야 한다. 만약 표준이 지정되지 않았다면, 표준을 골라야 한다.

예시 : 만약 Bacillus subtilis가 아종으로 분리된다면 표준균주를 포함하는 아종이 Bacillus subtilis subsp. subtilis로 명명되어야 한다.

규정 40c

규정 40a와 40b의 원칙은 아종이 둘 이상의 아종으로 분리된 경우에도 적용된다. 기존 아종명은 해당 표준균주를 포함하는 아종에서 유지된다.

주. 표준아종의 명칭에서 종소명과 아종소명이 같더라도, 같은 표준에서 기반한 것이기 때문에 규정 12b를 위반하지 않는다.

규정 40d

종의 표준을 배제하는 아종명의 유효한 출판은 표준을 포함하며 표준의 명칭으로 동일한 종소명과 아종소명을 가지는 또 다른 아종을 자동으로 생성한다.

예시 : Bacillus subtilis subsp. spizizenii Nakamura et al. 1999의 출판은 자동으로 새로운 아종 Bacillus subtilis subsp. subtilis를 생성하였다.

종명의 저자는 자동으로 생성된 아종명에 저자로써 인용된다.

예시 : Vibrio subtilis Ehrenberg에서 Bacillus subtilis Cohn 1872 comb. nov.에서 Bacillus subtilis subsp. subtilis Nakamurag et al. 1999 subsp. nov.으로의 변화. 아종에 대한 올바른 저자권은 Bacillus subtilis subsp. subtilis (Ehrenberg 1835) Nakamura et al. 1999 [소명을 제시한 Ehrenberg, 새 아종을 제시한 Nakamura]이다.

종을 다른 속으로 옮기는 경우

규정 41a

종을 지위의 변화 없이 새로운 속으로 옮기는 경우 종소명은 유지되어야 하며, 또는 만약 이전의 출판에서 유지되지 않은 경우 다음의 경우를 제외하고는 재확립되어야 한다 (규정 23a 주1 참고):

만들어진 이원적 분류명이 나중 동음이명인 경우.

예시 : Bernardet et al. [25]는 Flavobacterium으로 옮기기 위하여 Cytophaga aquatilis Strohl and Tait 1978 (Approved Lists 1980)에 대해 Flavobacterium hydatis를 제안하였는데, 이는 해당 속에 Flavobacterium aquatile라는 명칭이 이미 있었기 때문이다.
유효하게 출판되었고 타당한 종소명이나 아종소명이 앞서 존재하는 경우.

예시 : 아직 찾지 못함.

규정 41b

속의 명칭이 바뀌는 경우, 새로운 속으로 옮겨지더라도 기존의 속명에 포함되었던 종의 종소명은 동일한 종에 대하여 유지되어야 한다.

동등한 지위의 분류군이 통합되는 경우

규정 42

아종, 종, 아속, 속에 대해, 둘 이상의 동일한 지위의 이들 분류군이 통합되는 경우 가장 오래된 타당한 명칭이나 소명이 유지된다.

명칭이나 소명이 같은 날짜에 출판되었다면 해당 분류군을 최초로 통합하는 저자가 이들 중 하나를 고를 수 있으며 저자의 선택을 반드시 따라야 한다.

권고 42

같은 날짜의 두 속명 중 하나를 골라야 하는 저자는 다음을 유의하여야 한다 :

더 잘 알려진 것을 택한다.
종의 설명에 최초로 덧붙여진 것을 택한다.
둘 모두 종의 설명에 덧붙여졌다면, 더 많은 종을 포함한 것을 택한다.
위의 관점에서 모두 동등한 경우, 더 적절한 명칭을 택한다.

속이 아속으로 통합되는 경우

규정 43

여러 속이 한 속의 아속으로 통합되는 경우 해당 속의 표준종을 포함하는 아속의 명칭은 속의 명칭과 같아야 한다.

예시 : 표준종인 Lactobacillus delbrueckii를 포함하는 아속의 경우 반드시 Thermobacterium이 아닌 Lactobacillus Beijerinck 1901가 아속명으로 사용되어야 한다 (Bergey’s Manual, 7th edn, p. 543 [26], 오피니언 38; 사법위원회 [7] 참고).

둘 이상의 속의 종이 단일 속으로 통합되는 경우

규정 44

서로 다른 속의 둘 이상의 종이 하나의 속을 형성하게 되었으며 이들 중 하나 이상의 속의 표준종이 포함되는 경우, 속의 명칭은 가장 앞선 타당한 속명을 지닌 표준종에 따라 결정된다.

만약 속에 표준종이 없다면, 반드시 새로운 속명을 제안하여야 하고 표준종을 지정하여야 한다.

예시 : Brevibacterium Breed 1953. 포함된 그 어떤 종도 속의 표준종이 아니었으며, 따라서 새로운 명칭, Brevibacterium이 표준종 Brevibacterium linens와 함께 제안되었다.

종이 아종으로 통합되는 경우

규정 45

여러 종이 한 종의 아종으로 통합된 경우, 통합된 종의 표준균주를 포함하는 아종에는 반드시 종소명과 동일한 아종소명이 지정되어야 한다.

예시 : Streptomyces griseus subsp. griseus (Pridham et al. [27]의 214쪽과 224쪽 참고).

규정 46

편집자 주. 과거의 규정 46는 규정 40d로 재배치되었다. 이 규정은 규정 47 이후의 재번호화를 피하기 위하여 존속할 뿐이다. 규정 46은 인용되지 말아야 한다.

종보다 높은 분류군이 더 높은 분류군 아래로 통합되는 경우

규정 47a

둘 이상의 같은 지위를 가진 아족부터 과까지의 분류군이 더 높은 지위의 분류군 아래로 통합된 경우, 더 높은 지위의 분류군의 명칭은 더 낮은 지위의 분류군의 표준속 중 가장 앞선 타당한 명칭에서 유래하여야 한다.

그러나, 만약 해당 속명의 사용이 세균학에 혼란을 줄 수 있다면 저자는 자신의 의견으로 혼란을 가장 덜 줄 것으로 예상되는 속을 표준으로 고를 수 있으며 불확실한 경우 사법위원회에 이 사항을 회부하여야 한다.

주. 속보다 높은 지위의 분류군의 표준은 포함되는 속 중 하나이다 (규정 15). 표준아속의 명칭은 표준속의 명칭과 같으며 따라서 오직 속의 명칭만이 고려된다.

예시 : Breed et al. [28]에서 Buchanan은 우선순위의 법칙에 따라 Beggiatoaceae Migula 1894 과와 Vitreoscillaceae Pringsheim 1949 과를 표준을 Beggiatoa Trevisan 1842으로 하는 새로운 목 Beggiatoales으로 통합하였다. 이는 Beggiatoa Trevisan 1842이 Vitreoscilla Pringsheim 1949보다 우선순위가 앞섰기 때문이다. 대조적으로, Breed et al. [24]는 새로운 아목 Pseudomonadineae Breed et al. 1957의 명칭을 형성하는 과정에서 Spirillum Ehrenberg 1832과 Nitrobacter Winogradsky 1892 대신 Pseudomonas Migula 1894를 선택하였다.

규정 47b

만약 분류군에 표준속이 없다면 선택한 표준에 따른 새로운 명칭이 분류군에 제안되어야 한다.

예시 : Peptococcaceae Rogosa 1971 (Rogosa [29]의 235쪽 참고).

지위가 변하는 경우

규정 48

아속부터 목까지의 분류군의 지위가 변하는 경우, 만들어진 명칭이 규정에 따라 거부되는 것이 아니라면 명칭의 어간은 유지된 채 접미사만 바뀌어야 한다 (규정 9 참고).

예시 : Pseudomonadeae 족에서 Pseudomonadaceae 과로의 격상.

규정 49

속이 아속의 지위로 격하되는 경우 규정에 따라 거부되는 것이 아니라면 기존의 명칭은 유지되어야 한다. 이는 아속이 속으로 격상될 때에도 적용된다.

예시 : Bøvre [30]는 Branhamella Catlin 1970 속을 아속의 지위로 격하하였다. 아속의 명칭은 Branhamella (Catlin 1970) Bøvre 1979 이다.

규정 50a

아종이 종의 지위로 격상되는 경우, 만들어진 분류명이 타당하다면 반드시 아종소명이 종의 종소명으로 사용되어야 한다.

예시 : Campylobacter pylori subsp. mustelae Fox et al. 1988는 Campylobacter mustelae (Fox et al. 1988) Fox et al. 1989가 된다.

규정 50b

종이 아종의 지위로 격하된 경우, 만들어진 분류명이 타당하다면 반드시 종의 종소명이 아종의 아종소명으로 사용되어야 한다.

예시 : Bifidobacterium globosum (ex Scardovi et al. 1969) Biavati et al. 1982은 Bifidobacterium pseudolongum subsp. globosum (Biavati et al. 1982) Yaeshima et al. 1992이 된다.

8절. 타당하지 않은 명칭과 소명: 명칭과 소명의 재배치, 거부, 보존

타당하지 않은 명칭

규정 51a

규정에 반하는 명칭은 타당하지 않으며 사용되지 않을 수 있다. 그러나 분류군이 특정 분류학적 위치에 있을 때에는 타당하지 않던 분류군의 명칭이 해당 분류군이 다른 분류학적 위치에 있을 때에도 항상 타당하지 않은 것은 아니다.

예시 : 만약 Diplococcus Weichselbaum 1886 속이 Streptococcus Rosenbach 1884 속과 통합되었다면 Diplococcus라는 명칭은 앞선 명칭이 아니기 때문에 통합된 속의 명칭으로는 타당하지 않다. 만약 Diplococcus Weichselbaum 속이 분리된 별개의 속으로 여겨진다면 Diplococcus는 타당하다.

규정 51b

명칭이 타당하지 않을 수 있는 이유는 다음과 같다.

저자가 규정한대로 명칭이 적용된 분류군이 저자가 하나 이상의 규정에 따라 채택하여야 하는 명칭의 명명표준을 포함한 경우.

예시 : 저자가 속을 Bacillus 속의 표준균주인 Bacillus subtilis를 포함하여야 한다고 규정했다면, 규정된 속은 Bacillus라고 명명되어야 한다.
저자가 분류군의 특정 범위, 위치, 지위에 대해 가능한 가장 앞선 타당한 속명, 종소명이나 아종소명을 이원적이나 삼원적 분류명으로 채택하지 않은 경우.

예시 : 명칭 Bacillus whitmori Bergey et al. 1930는 Whitmore가 그 생명체를 Bacillus pseudomallei라고 1913년에 명명했기 떄문에 타당하지 않다 [31].
종소명이 규정 52나 53에 따라 거부되어야 하는 경우.
원핵생물, 균류, 조류, 원생생물, 바이러스 분류군 명칭의 나중 동음이명인 경우.

예시 : 편모충류 (Flagellate) 속인 Phytomonas Donovan 1909가 원핵생물 속인 Phytomonas Bergey et al. 1923보다 앞선다(오피니언 14; 사법위원회 [32]).

이 규약 개정본에 따라 유효하게 출판된 원핵생물 명칭은 1980년 이전에 출판된 원핵생물 명칭의 동음이명으로 거부되어서는 안되며 승인목록에 생략되어서는 안된다.

타당하지 않은 소명

규정 52

다음은 종소명이나 아종소명으로 여겨지지 않는다.

종소명으로 의도되지 않은 단어나 구절

예시 : Bacillus nova species Matzuschita.
열거할 때 사용되는 10보다 큰 서수 형용사 단어

예시 : undecimus, duodecimus 등.
숫자나 문자

예시 : Bacillus α von Freudenreich 에서의 α.

규정 53

이전에 유효하게 출판되었고 같은 속이지만 다른 표준을 바탕으로 하는 다른 세균의 종소명이나 아종소명과 중복된 경우, 소명은 타당하지 않다.

예시 : Bacillus pallidus Scholz et al. 1988는 명명표준인 strain H12를 바탕으로 하기 때문에 다른 표준을 바탕으로 하는 다른 세균 Bacillus pallidus Zhou et al. 2008는 종소명 pallidus를 사용할 수 없다.

명칭의 재배치

규정 54

규정 51b, 53, 56a에 따라 타당하지 않은 명칭이나 소명은 이원적, 또는 삼원적 분류명으로 이루어진 가장 오래된 타당한 명칭이나 소명으로 대체되며 새로운 위치는 규정을 따른다.

만약 타당한 명칭이나 소명이 존재하지 않는다면, 하나를 골라야 한다. 종소명의 경우 속명이 타당하지 않은 종의 명칭으로 출판되어도 타당하지 않다고 취급하지 않으므로 (규정 32b), 저자는 원한다면 해당 소명을 사용할 수 있으며 새로운 위치나 의미에서 사용하는데 어떤 제약도 없음이 보장된다. 그 결과로 생긴 분류명은 새로운 명칭으로 취급되며 분류명의 저자에게로 귀속된다. 그러나 소명은 기존 저자에게로 귀속된다.

예시 : Pfeifferella pseudomallei (Whitmore 1913) Ford 1928는 Pfeifferella가 원생동물 속명과 동음이명이기 때문에 타당하지 않은 분류명이다 (오피니언 14; 사법위원회 [32]). 소명인 pseudomallei는 다른 속의 생명체 Pseudomonas pseudomallei (Whitmore 1913) Haynes 1957에는 사용할 수 있다.

규정 55

타당한 명칭이나 소명은 단지 다음 이유만으로는 재배치되지 않는다.

부적절하다.

예시 : Bacteroides melaninogenicus는 멜라닌을 생산하지 않는다 (Schwabacher et al. [33] 참고).
마음에 들지 않는다.

예시 : Miyagawanella lymphogranulomatis.
다른 명칭이 더 선호된다.

예시 : 아직 찾지 못함
다른 명칭이 더 잘 알려져있다.

예시 : Corynebacterium pseudodiphtheriticum은 단지 동의명 Corynebacterium hofmannii이 더 잘 알려져있다는 이유만으로 거부될 수 없다.
더 이상 해당 생명체를 묘사하지 않는다

예시 : Haemophilus influenzae (인플루엔자를 일으키지 않는다).
잘못 인용되었다. (잘못된 인용은 추후 저자가 바로잡을 수 있다.)

예시 : Proteus morganii Yale 1939 (Lessel [34] 참고).

명칭의 거부

규정 56a

오직 사법위원회만이 명칭을 거부된 명칭 (nomina rejicienda)의 목록에 올릴 수 있다 (규정 23a, 주4, 부록 4 참고). 명칭은 다음을 포함하는 다양한 이유로 목록에 올라갈 수 있다.

모호한 명칭 (nomen ambiguum), 곧 다른 의미로도 사용되어 왔으며, 따라서 오류의 원인이 된 명칭.

예시 : Aerobacter Beijerinck 1900 (오피니언 46; 사법위원회 [35]).
의심스러운 명칭 (nomen dubium), 곧 그 적용이 불명확한 명칭.

예시 : Leuconostoc citrovoium (오피니언 45; 사법위원회 [36]).
혼란을 일으키는 명칭 (nomen confusum), 곧 혼합 배양체를 가리키는 명칭.

예시 : Malleomyces Hallier 1870.
당황스러운 명칭 (nomen perplexum), 명칭이 적용된 것은 알려져 있으나 세균학에 불명확성을 초래하는 경우. (규정 57c 참고).

예시 : Bacillus limnophilus Bredemann and Stürck in Stürck 1935 (그리스어–그리스어, 습지를 좋아하는)와 Bacillus limophilus Migula 1900 (라틴어–그리스어, 진흙을 좋아하는); Index Bergeyana, p. 196 [37] 참고.
위험한 명칭 (nomen periculosum), 곧 명칭의 적용이 건강이나 삶, 또는 둘 모두를 위협하는 사고로 이어질 수 있거나 심각한 경제적 결과로 이어질 수 있는 경우.
예시 : Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis (오피니언 60; 사법위원회 [38]) 는 위험한 명칭으로 거부되었다.

주1. 이 적용은 예를 들어 다른 숙주 범위나 다른 전염성과 치명성의 정도를 가진 종이나 아종과 같이 전염성있으며 치명적이고, 또는 강력한 독소를 발생하는 것으로 널리 인식되는 명명종의 종소명을 변화시키자는 제안에 제한된다. 만약 사법위원회가 높은 수준의 건강에 대한 위험, 또는 심각한 경제적 결과를 인식하는 경우 해당 분류군과 다른 분류군 간의 유전적 연관성에 대한 인정이나 승인을 부정하지 않으면서 분류군이 별개의 명명종으로 유지된다는 오피니언이 발표될 수 있다.

보존된 명칭

규정 56b

보존된 명칭 (nomen conservandum)은 모든 앞선 동의명과 동음이명 대신에 사용되어야 하는 명칭이다.

주1. 보존된 명칭 (nomen conservandum)은 관련 분류군이 타당한 명칭을 지닌 다른 분류군과 통합되지 않는 한, 해당 명칭이 거부된 명칭의 목록에 인용되어있던 인용되어있지 않던 분류군에 대한 다른 모든 명칭으로부터 보존된다. 다른 분류군과의 통합이나 재통합 과정에서는 규정 23a와 23b에 따라 두 경쟁하는 명칭 중 앞선 명칭이 채택된다.

주2. 오직 사법위원회만이 보존된 명칭 (nomina conservanda)의 목록에 명칭을 올릴 수 있다 (규정 23a, 주4, 부록 4도 참고).

9절. 철자법

규정 57a

모든 명칭과 소명은 유래한 단어의 철자를 준수하고 라틴어 및 라틴어 규정을 엄격히 따라 작성되어야 한다. 오타와 철자법 오류에 대한 예외는 규정 61에, 철자적 이형에 대한 예외는 규정 62a와 62b에 제공되어 있다 (부록 9도 참고).

규정 57b

이 규약에서 철자적 이형이란, 라틴어가 아닌 언어의 단어를 라틴어로 음역하는 과정이나 문법적 정확성에 있어서만 다른 명칭과 차이가 생긴 명칭이나 소명을 의미한다.

예시 : Haemophilus, Hemophilus.

규정 57c

둘 이상의 속명이나 같은 속의 소명이 비록 어원이 다를지라도 불명확성을 일으킬 만큼 너무 유사하다면 이들은 당황스러운 명칭 (nomina perplexa)으로 취급될 수 있으며 사법위원회로 문제가 회부된다 [규정 56a(4) 참고].

예시 : Bacillus limnophilus와 Bacillus limophilus [규정 56a(4) 참고].

주1. 철자적 이형은 어떤 저자도 수정할 수 있다.

주2. 당황스러운 명칭은 오직 사법위원회에 의해서만 거부된 명칭의 목록에 올라갈 수 있는데, 이는 하나 이상의 문자가 다른 여러 출처에서 파생된 명칭의 자격에 대한 결정은 세균학의 잘 알려진 많은 명칭에 영향을 줄 수 있기 때문이다.

예시 : Salmonella gamaba와 Salmonella gambaga.

규정 58

같은 명칭이나 소명의 여러 철자에 대해 의심스럽거나, 두 철자가 혼동될 만큼 충분히 유사하다면 해당 문제는 사법위원회에 회부되어야 하며, 사법위원회는 오피니언을 통해 가장 적절하다고 판단되는 것을 발표할 수 있다. 만약 특정 철자가 사법위원회에 의해 발탁된다면, 후속 저자들은 해당 철자를 사용하여야 한다.

예시 : 종명 Bacillus megaterium de Bary 1884에서의 소명 ‘‘megaterium’’ ("megatherium" 대신) (오피니언 1; 사법위원회 [39]).

규정 59

소명이 사람의 이름에서 유래하였더라도 첫 문자를 대문자로 작성해서는 안된다.

예시 : Shigella flexneri (Flexner의 이름에서 유래함).

규정 60

사람 이름, 특히 앞선 저자의 이름에 대한 철자 변경 등의 의도적인 라틴화는 보존되어야 한다.

에시 : Chauveau는 Chauvoe로 라틴화되었으며 Clostridium chauvoei는 Chauvoe에서 유래하였다.

활자 및 철자법 오류

규정 61

명칭이나 소명의 기존 철자는 오타나 철자법 오류를 제외하고는 반드시 유지되어야 한다. 기존 철자는 첫 문자를 대문자로 하는 것이나 발음 구별 부호의 사용을 나타내지 않는다.

예시 : 기존 철자는 megatherium이 아닌 Bacillus megaterium 이었다 (오피니언 1; 사법위원회 [39]).

저자에 의해 이후 수정된 의도치 않은 오타나 철자법 오류는 유효한 출판의 날짜와 자격에 영향을 미치지 않고 수정된 형태로 승인된다. 또한 후속 저자에 의해 해당 철자가 옳은지에 대한 언급 없이 수정될 수도 있지만, 후속 저자가 수정 사항을 강조하기를 원한다면 약어 ‘‘corrig.’’ (corrigendum)을 명칭 뒤에 추가할 수 있다. 이후의 저자는 원 철자가 틀렸다는 것을 모르고 이전 저자의 철자를 사용할 수도 있다. 다른 이후의 저자들은 이전 저자의 수정을 따를 수도 있으며 독자적으로 철자를 수정할 수 있지만, 어떠한 경우에서도 corrig.의 사용은 의무적인 것으로 여겨지지는 않는다. 어떠한 이런 수정사항도 유효한 출판의 자격과 날짜에 영향을 미치지 않는다.

예시 : Pasteurella mairi (sic) Sneath and Stevens 1990. 오타는 이후 Sneath [40]에 의해 Pasteurella mairii로 수정되었다. 이는 Pasteurella mairii corrig으로 인용될 수 있다.

주. 규정 61, 62a, 62b에 따라 명칭이나 소명을 수정할 자유는 특히 변화가 명칭이나 소명의 첫 음절이나 무엇보다도 첫 문자에 영향을 주는 경우에는 유보적으로 사용되어야 한다. 다른 속으로 종이 이동되었을 때 (comb. nov.)의 종소명의 문법적 성의 변화를 제외하고는 어떠한 문법적 또는 철자적 수정도 세균학명승인목록, 유효목록, 그리고 공고목록에서 받아들여지지 않을 것이다.

음역에 의한 철자적 이형

규정 62a

라틴 알파벳을 사용하지 않는 다른 언어에서 라틴어로 음역하는 과정에서 차이가 생긴 단어는 다른 표준을 가진 분류군의 명칭, 곧 동음이명으로 사용되지 않는 이상 철자적 이형으로 취급한다. 가능한 철자적 이형에 대한 설명은 부록 9을 참고.

예시 : Haemophilus와 Hemophilus.

규정 62b

철자적 이형이 같은 표준을 바탕으로 하며 그 중 어느 것이 옳은지 뚜렷하게 나타나 있지 않다면 저자는 고를 수 있다.

사람 이름

규정 63

사람 이름의 소유격이나 형용사 형태는 다른 소명으로 취급되며 혼동을 일으킬 만큼 유사하지 않는 이상 철자적 이형으로 취급하지 않는다. 사람 이름의 라틴화에 대해서는 부록 9 참고.

예시 : 소명 pasteurii (소유격 명사)와 pasteurianum (형용사)은 다른 소명으로 취급된다.

발음 구별 부호

규정 64

발음 구별 부호는 세균학에서 명칭이나 소명에 사용되지 않는다.

해당 부호를 포함하는 단어에서 유래된 명칭이나 소명은 반드시 해당 부호를 사용하지 말아야 하며 문자는 다음과 같이 바뀌어야 한다 : (1) ä, ö, ü는 각각 ae, oe, ue로 치환; (2) é; è, ê는 모두 e로 치환; (3) ø, æ, å는 각각 oe, ae, aa로 치환;

명칭의 문법적 성

규정 65

속명의 문법적 성은 다음에 의해 관리된다.

속명으로 채택된 라틴어나 그리스어 단어는 원 언어의 종래의 문법적 성을 유지한다. 저자는 모든 제안된 속명에 대해 문법적 성을 제공할 것이 권고된다.

예시 : Sarcina (라틴어 여성형 명사, 꾸러미).

종래의 문법적 성이 다양한 경우, 저자는 그중 하나를 고를 수 있다 (그러나 -bacter의 남성형에 대한 사법위원회의 오피니언 3[41] 참고).

예시 : -incola의 경우 문법적 성은 남성형이나 여성형일 수 있다.

불확실한 사례는 사법위원회에 회부되어야 한다.

예시 : 아직 찾지 못함
둘 이상의 라틴어나 그리스어 단어의 현대적 결합으로 이루어진 속명이나 아속명은 가장 뒤에 결합된 요소의 문법적 성을 따른다.

예시 : Lactobacillus (남성형) 라틴어에서 젖 막대기: lac, lactis (중성형), 젖; 그리고 bacillus (남성형), 작은 막대기.

만약 어미가 바뀌었다면 문법적 성은 출신 언어에서의 새로운 어미의 문법적 성이다.

예시 : 아직 찾지 못함
임의로 형성된 속명이나 속명으로 사용되는 속칭은 저자에 의해 문법적 성이 지정된다. 기존 저자가 문법적 성을 나타내지 않은 경우 후속 저자가 문법적 성을 고를 수 있다.

예시 : Desemzia Stackebrandt et al. 1999의 경우 여성형으로 지정되었다; Waddlia Rurangirwa et al. 1999; Afipia Brenner et al. 1992; Cedecea Grimont et al. 1981.

CHAPTER 4. 조언

A. 저자와 발행인을 위한 의견

정기간행물과 단행본의 발행인들은 출판물 자체나 정기간행물의 경우 번호를 통하여 출판 연월일을 표기할 것이 요청된다. 출판 연월일과 종이로 재간한 정기간행물이나 단행본의 제목은 별책, 테어 시트 (tear sheet)나 재인쇄물에도 인쇄되어야 한다.

별책이나 재인쇄물은 이들이 구성하는 정기 간행물에 대한 페이지 번호를 항상 포함하여야 한다.

새로운 분류군을 설명하고 명명하는 저자는 관련 분류군의 지위를 나타내야 하며, 가능하다면 그 다음으로 높은 분류군의 지위와 명칭 (예를 들어 새로운 속이 배치된 과의 명칭, 또는 새로운 과가 배정된 목의 명칭)도 나타내야 한다. 관련 저작물의 제목은 비록 새로운 명칭이 제목에 나타나지는 않더라도 새로운 명칭이 출판된다는 것을 나타내야 한다.

주. 새로운 명칭이나 새로운 분류군의 유효한 출판은 IJSEM에서의 선언을 필요로 한다 (규정 27).

새로운 종에 대한 설명과 삽화는 최대한 완전해야 하며 가능한 경우 최소한의 기준을 따라야 한다. (권고 30과 부록 6 참고).

분류군의 학명에는 관련 국가의 언어와 관련 저널과 출판사의 적절한 관례가 적용될 수 있다. 그 적용은 가급적 학명을 다른 글자체 (예를 들어 이텔릭체)로 표기하거나 글의 나머지 부분과 구분할 수 있는 다른 방법으로 나타내야 한다.

속의 명칭이 출판물이나 출판몰의 요약본에서 종소명과 처음 사용될 때에는 축약 없이 사용되어야 한다.

예시 : Bacillus subtilis.

모두 같은 속에 포함되는 종명이 연속하여 등장하는 경우, 뒤쪽의 종에서 속명이 처음 언급되었다고 해도 관례적으로 첫번째 종을 제외하고는 모두 속명을 축약한다.

예시 : Bacillus subtilis, B. polymyxa.

이전에 인용된 명칭을 이후에 사용할 때에는, 주로 속명의 첫 문자가 나타나도록 속명을 축약하여 사용한다.

예시 : B. subtilis.

그러나, 만약 같은 문자로 시작하는 둘 이상의 속의 종이 나열된 경우 속명은 축약없이 사용되어야 한다.

B. 저자와 명칭에 대한 인용

공동 저작 (et al.). 분류군의 새로운 명칭이 두 명의 저자에 의해 출판되었다면 둘 다 인용된다. 만약 둘보다 많은 저자가 있으며 특정 개인에 대한 명확한 저자로의 지정이 없다면, 모든 저자의 이름을 열거하거나 1저자의 이름과 약어 “et al.” (et alii)을 덧붙임으로써 인용할 수 있다.
다른 저자의 저작에 대한 출판물 (in). 한 저자의 새로운 명칭이나 분류명이 다른 저자의 저작에 개제된 경우 인용된 문헌에서는 단어 “in”으로 두 저자의 이름을 연결하여야 한다. 분류군의 명칭에 대한 저자의 이름이 포함된 저작물의 저자의 이름보다 앞에 온다. 예시 : Streptomyces reticuli Waksman, S. A., and A. T. Henrici in Breed, R. S. et al. Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 6th ed., 1948, The Williams & Wilkins Co., Baltimore.
“pro synon.,” “ex,” “non,” “sic.”의 사용
- 동의명으로 출판된 명칭을 인용할 때에는 “as synonym”이나 “pro synon.”이 인용에 추가되어야 한다. (동의명의 종류에 대해서, 규정 24a 참고) 예시 : Pseudomonas pyocyanea pro synon. Pseudomonas aeruginosa
- 저자가 다른 저자의 원고에 있던 명칭을 출판하거나 다른 저자가 출판한 명칭을 부활하는 경우 (규정 33c, Note 2), 그것이 동의명이든 아니든 단어 “ex”가 두 저자의 이름 사이에 연결되어야 한다. 명칭을 출판하는 저자의 이름이 기존 저자의 이름보다 앞에 나온다. 예시 : Achromobacter xylosoxidans (ex Yabuuchi and Ohyama 1971) Yabuuchi and Yano 1981 nom. rev. 이 부활한 명칭을 인용하는 후속 저자는 다음과 같이 인용한다. Achromobacter xylosoxidans (ex Yabuuchi and Ohyama 1971) Yabuuchi and Yano 1981 or Achromobacter xylosoxidans Yabuuchi and Yano 1981.
- 이전의 동음이명에 의해 무효화된 동의명을 인용할 때, 단어 “non,” 뒤에 동음이명의 저자의 이름이 오며 출판일이 추가되는 것이 선호된다. 예시 : Achromobacter Yabuuchi and Yano 1981 (non Achromobacter Bergey et al. 1923)
- 철자의 수정과 같이 명칭과 소명이 처음에 출판된 형태에서 변화가 생겼다면 원 철자가 올바른 명칭의 동의명 목록에 인용되어야 한다. 원 철자 뒤에 괄호로 둘러쌓인 용어 “sic”는 원 철자가 정확하게 인용되었다는 것을 나타낸다. 예시 : Bacillus pantothenticus (sic).
나명. 나명 (nomen nudum)의 인용에서, 명칭의 자격은 “nom. nud.”를 덧붙임으로써 나타내야 한다. 주. 나명 (nomen nudum)은 설명이나 기존에 출판된 설명에 대한 참조 없이 출판된 명칭이다. 예시 : 아직 찾지 못함
보존된 명칭. 보존된 명칭 (nomen conservandum)은 인용에 약어 “nom. cons.”를 추가함으로써 표시하여야 한다. 예시 : Pseudomonas Migula 1894 nom. cons. (오피니언 5).

C. 표준균주의 보존

새로운 종이나 아종의 바탕이 되는 원본 "표준" 물질의 보존에 가장 중요한 의미가 부여되어야 한다. (규정 18a, 27, 30 참고).

보존된 살아있는 표본은 박테리아학 실험실, 특히 영구적으로 확립된 배양자원센터에서 보존되어야 하며 이 사실은 출판에 포함되어야 한다 (규정 30 참고).

보존은 배지, 숙주의 이용, 세포나 상태나 삼출물, 동결 상태나 건조 상태등 다양한 방식으로 진행될 수 있다.

모든 예방책을 동원해서 배양체가 최소한의 변화를 겪도록 하여야 한다. 계속된 계대배양은 표현형과 유전형의 변화로 이어질 수 있다.

원문

CHAPTER 1. GENERAL CONSIDERATION

General Consideration 1

The progress of bacteriology can be furthered by a precise system of nomenclature accepted by the majority of bacteriologists of all nations.

General Consideration 2

To achieve order in nomenclature, it is essential that scientific names be regulated by internationally accepted Rules.

General Consideration 3

The Rules which govern the scientific nomenclature used in the biological sciences are embodied in International Codes of Nomenclature (see Appendix 1 for a list of these Codes).

General Consideration 4

Rules of nomenclature do not govern the delimitation of taxa nor determine their relations. The Rules are primarily for assessing the correctness of the names applied to defined taxa; they also prescribe the procedures for creating and proposing new names.

General Consideration 5

This Code of Nomenclature of Prokaryotes applies to all Prokaryotes. The nomenclature of eukaryotic microbial groups is provided for by other Codes: fungi and algae by the International Code of Nomenclature for algae, fungi and plants; protozoa by the International Code of Zoological Nomenclature. The nomenclature of viruses is provided for by the International Code of Virus Classification and Nomenclature (see Appendix 1).

Note. “Prokaryotes” covers those organisms that are variously recognized as e.g. Schizomycetes, Bacteria, Eubacteria, Archaebacteria, Archaeobacteria, Archaea, Schizophycetes, Cyanophyceae and Cyanobacteria.

General Consideration 6

This Code is divided into Principles, Rules and Recommendations.

The Principles (Chapter 2) form the basis of the Code, and the Rules and Recommendations are derived from them.
The Rules (Chapter 3) are designed to make effective the Principles, to put the nomenclature of the past in order and to provide for the nomenclature of the future.
The Recommendations (Chapter 3) deal with subsidiary points and are appended to the Rules which they supplement. Recommendations do not have the force of Rules; they are intended to be guides to desirable practice in the future. Names contrary to a Recommendation cannot be rejected for this reason.
Provisions for emendations of Rules, for special exceptions to Rules, and for interpretation of the Rules in doubtful cases have been made by the establishment of the International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP) and its Judicial Commission, which acts on behalf of the ICSP (see Rule 1b and Statutes of the International Committee on the Systematics of Prokaryotes). Opinions issued by the Judicial Commission become effective after receipt of ten or more favorable votes from Commissioners, but may be rescinded by the ICSP as provided in the ICSP Statutes. The official journal of the ICSP is the International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM), formerly International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB), formerly the International Bulletin of Bacteriological Nomenclature and Taxonomy (IBBNT). (Some other journal could be specified by the ICSP if required. Such possible future specification is implicit in the use of “International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology” or “IJSEM” throughout this Code, but is not always repeated at each mention.)
Appendices are added to assist in the application of this Code (see Table of Contents).
Definitions of certain words used in the Code are provided. Such words are indicated in boldface type in the clause concerned, and they may be printed in boldface type elsewhere in this Code.

General Consideration 7

Nomenclature deals with the following:

Terms used to denote the taxonomic categories, e.g., “species”, “genus”, and “family”.
Relative rank of the categories (see Rule 5).
Names applied to individual taxa. A taxonomic group is referred to throughout this Code as a taxon, plural taxa. “Taxonomic group” is used in this Code to refer to any group of organisms treated as a named group in a formal taxonomy; it may or may not correspond to a category.

Examples: Name of a species, Pseudomonas (generic name) aeruginosa (specific epithet); name of a genus, Pseudomonas; name of a family, Pseudomonadaceae; name of an order, Pseudomonadales.

General Consideration 8

The International Code of Nomenclature of Prokaryotes is an instrument of scientific communication. Names have meaning only in the context in which they were formed and used.

Editorial Note. In the Bacteriological Code (1975 Revision) many examples were taken from names that lost their standing in nomenclature on publication of the Approved Lists of Bacterial Names [1]. These examples were retained in the Bacteriological Code (1990 Revision), but the majority of these examples have now been replaced (see minute 7, topic 2 (ii) of the San Francisco minutes of the Judicial Commission [2]), although some have been retained because they illustrate nomenclatural problems which have occurred in the past and may occur again, but which cannot always be illustrated by names that currently have standing under the present Code.

CHAPTER 2. PRINCIPLES

Principle 1

The essential points in nomenclature are as follows.

Aim at stability of names.
Avoid or reject the use of names which may cause error or confusion.
Avoid the useless creation of names.
Nothing in this Code may be construed to restrict the freedom of taxonomic thought or action.

Note. “Name” in this Code is used to refer to scientific names applied to prokaryotes (see Chapter 3, Section 3).

Principle 2

The nomenclature of prokaryotes is not independent of botanical and zoological nomenclature. When naming new taxa in the rank of genus or higher, due consideration is to be given to avoiding names which are regulated by the International Code of Zoological Nomenclature and the International Code of Nomenclature for algae, fungi and plants.

Note. This principle takes effect with publication of acceptance of this change by the ICSP (from November 2000) and is not retroactive. Although not complete, an extensive list of names of zoological taxa is maintained by the Zoological Record, a list of botanical taxa, including higher plants, algae and cyanobacteria, botanical protists and fungi is maintained by the Index Nominum Genericorum (ING), the Names in Current Use and the International Mycological Institute (Bioscience index of fungi).

Principle 3

The scientific names of all taxa are Latin or latinized words treated as Latin regardless of their origin. They are usually taken from Latin or Greek (see Chapter 3, Section 9, and Appendix 9).

Principle 4

The primary purpose of giving a name to a taxon is to supply a means of referring to it rather than to indicate the characters or the history of the taxon.

Principle 5

The application of the names of taxa is determined by means of nomenclatural types, referred to in this Code as types (see Chapter 3, Section 4).

Principle 6

The correct name of a taxon is based upon valid publication, legitimacy and priority of publication (see Chapter 3, Section 5).

Principle 7

A name of a taxon has no status under the Rules and no claim to recognition unless it is validly published (see Chapter 3, Section 5).

Principle 8

Each order or taxon of a lower rank with a given circumscription, position, and rank can bear only one correct name, i.e., the earliest that is in accordance with the Rules of this Code. Provision has been made for exceptions to this Principle (see Rules 23a and 23b and the Statutes of the ICSP).

Note 1. The name of a species is a binary combination of generic name and specific epithet.

Note 2. (i) By circumscription is meant an indication of the limits of a taxon, (ii) by position is meant the higher taxon in which a taxon is placed when there may be alternatives (see also Rule 23a) and (iii) by rank is meant level in the hierarchial sequence of taxonomic categories.

Principle 9

The name of a taxon should not be changed without sufficient reason based either on further taxonomic studies or on the necessity of giving up a nomenclature that is contrary to the Rules of this Code.

CHAPTER 3. RULES OF NOMENCLATURE WITH RECOMMENDATIONS

Section 1. General

Rule 1a

This revision of the International Code of Nomenclature of Bacteria supersedes all previous revisions of the Bacteriological Code and shall be known as the International Code of Nomenclature of Prokaryotes (see Appendix 1). It shall be cited as the Prokaryotic Code (2008 Revision) and will apply from the date of publication online (2015).

Rule 1b

Alterations to this Code can only be made by the ICSP at one of its plenary sessions. Proposals for modifications should be made in sufficient time to allow publication in the IJSEM before the next International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology. For this and other Provisions, see the Statutes of the ICSP.

Rule 2

The Rules of this Code are retroactive, except where exceptions are specified.

Examples: Rule 18a, Rule 30.

Rule 3

Names contrary to a Rule cannot be maintained, except that the International Committee on Systematics of Prokaryotes, on the recommendation of the Judicial Commission, may make exceptions to the Rules (see Rule 23a and the Statutes of the ICSP).

Rule 4

In the absence of a relevant Rule or where the consequences of a Rule are uncertain, a summary in which all pertinent facts are outlined should be submitted to the Judicial Commission for consideration (see Appendix 8 for preparation of a Request for an Opinion).

Section 2. Ranks of Taxa

Rule 5a

Definitions of the taxonomic categories will inevitably vary with individual opinion, but the relative order of these categories may not be altered in any classification.

Rule 5b

The taxonomic categories above and including species which are covered by these Rules are given below in ascending taxonomic rank. Those in the left-hand column should he recognized where pertinent; those in the right-hand column are optional. The Latin equivalents are given in parentheses.

Species (Species)

Subgenus (Subgenus)

Genus (Genus)

Subtribe (Subtribus)

Tribe (Tribus)

Subfamily (Subfamilia)

Family (Familia)

Suborder (Subordo)

Order (Ordo)

Subclass (Subclassis)

Class (Classis)

Rule 5c

A species may be divided into subspecies, which are dealt with by the Rules of this Code (see Rules 13a–d). Variety is a synonym of subspecies; its use is not encouraged as it leads to confusion, and after publication of this Code the use of the term variety for new names will have no standing in nomenclature.

Rule 5d

Taxa below the rank of subspecies (infrasubspecific subdivisions) are not covered by the Rules of this Code, but see Rule 14a and Appendix 10.

Section 3. Naming of Taxa

General

Rule 6

The scientific names of all taxa must be treated as Latin; names of taxa above the rank of species are single words.

Recommendation 6

To form new prokaryotic names and epithets, authors are advised as follows.

Avoid names or epithets that are very long or difficult to pronounce.
Make names or epithets that have an agreeable form that is easy to pronounce when latinized.
Words from languages other than Latin or Greek should be avoided as long as equivalents exist in Latin or Greek or can be constructed by combining word elements from these two languages. Exceptions: names derived from typical local items such as foods, drinks or geographical localities for which no Latin or Greek names exist.
Do not adopt unpublished names or epithets found in authors’ notes, attributing them to the authors of such notes, unless these authors have approved publication.
Give the etymology of new generic names and of new epithets.
Determine that the name or epithet which they propose is in accordance with the Rules.
The Greek K and Z and the Medieval Latin J (for consonantic I) should be maintained to avoid confusion.

Examples: Akinetobacter instead of Acinetobacter, Acidijanus instead of Acidianus.
The abbreviation M.L. stands for “Medieval Latin” not “Modern Latin”. For the latter, N.L. (“Neo Latin”) is to be used.
When arbitrary names (see Rules 10a and 12c) are formed, this has to be indicated and such names have to be easy in spelling and pronunciation.
Authors should not name organisms after themselves or after co-authors. If genus names or specific epithets are formed from personal names they should contain only the untruncated family (rarely the first) name of one person.

Names of Taxa above the Rank of Genus up to and including Order

Rule 7

The name of a taxon above the rank of genus up to and including order is a substantive or an adjective used as a substantive of Latin or Greek origin, or a latinized word. It is in the feminine gender, the plural number, and written with an initial capital letter.

Example: Family Pseudomonadaceae.

Historically, all these names were feminine plural adjectives qualifying the word “plantae,” plants; in modern prokaryotic nomenclature they qualify the word “procaryotae.”

Example: Plantae pseudomonadaceae; Procaryotae pseudomonadaceae.

In practice, such names are used alone and as substantives.

Example: A member of the Pseudomonadaceae.

Names of Taxa above the Rank of Order

Rule 8

The name of each taxon (covered by the Code) above the rank of order is a Latin or latinized word. The name of a class is in the neuter gender, the plural number and written with an initial capital letter. The name is formed by the addition of the suffix –ia to the stem of the name of the type genus of the type order of the class. The name of a subclass is in the feminine gender, the plural number and written with an initial capital letter. The name is formed by the addition of the suffix –idae to the stem of the name of the type genus of the type order of the subclass.

Example: Domain – Procaryotae; Class – Clostridia.

Names of Taxa between Subclass and Genus (Order, Suborder, Family, Subfamily, Tribe, Subtribe)

Rule 9

The name of a taxon between subclass and genus is formed by the addition of the appropriate suffix to the stem of the name of the type genus (see Rule 15). These suffixes are presented in Table 1.

Table 1. Suffixes for Categories

Rank	Suffix	Example
Order	-ales	Pseudomonadales
Suborder	-ineae	Pseudomonadineae
Family	-aceae	Pseudomonadaceae
Subfamily	-oideae	Pseudomonadoideae
Tribe	-eae	Pseudomonadeae
Subtribe	-inae	Pseudomonadinae

Names of Genera and Subgenera

Rule 10a

The name of a genus or subgenus is a substantive, or an adjective used as a substantive, in the singular number and written with an initial capital letter. The name may be taken from any source and may even be composed in an arbitrary manner. It is treated as a Latin substantive.

Examples: Single Greek stem, Clostridium; two Greek stems, Haemophilus; single Latin stem, Spirillum; two Latin stems, Lactobacillus; hybrid name, Latin-Greek stems, Flavobacterium; latinized personal name, Shigella; arbitrary name, Afipia, Desemzia, Waddlia, or Cedecea.

Recommendation 10a

The following Recommendations apply when forming new generic or subgeneric names.

Refrain from naming genera and subgenera after persons quite unconnected with bacteriology or at least with natural science.
Give a feminine form to all personal generic and subgeneric names whether they commemorate a man or a woman (see Rule 63).
Avoid introducing into bacteriology as generic names such names as are in use in botany or zoology, in particular well-known names. (See Appendix 9).

Rule 10b

Generic and subgeneric names are subject to the same Rules and Recommendations, except that Rule 10c applies only to subgeneric names.

Rule 10c

The name of a subgenus, when included with the name of a species, is placed in parentheses along with the abbreviation “subgen.” between the generic name and specific epithet. When included, the citation should be inserted before closure of the parentheses.

Example: Acetobacter (subgen. Gluconoacetobacter) liquefaciens or Acetobacter (subgen. Gluconoacetobacter Yamada and Kondo 1985) liquefaciens (Asai 1935) Yamada and Kondo 1985.

Names of Taxa between Subgenus and Species

Rule 11

The taxonomic categories section, subsection, series, and subseries are informal categories not regulated by the Rules of this Code. Their designations do not compete with the names of genera and subgenera as to priority and homonymy.

Names of Species

Rule 12a

The name of a species is a binary combination consisting of the name of the genus followed by a single specific epithet.

If a specific epithet is formed from two or more words, then the words are to be joined. If the words were not joined in the effective publication, then the epithet is not to be rejected but the form is to be corrected by joining the words, which can be done by any author. If an epithet has been hyphenated, its parts should be joined. The name is considered to have been validly published and retains its standing in nomenclature.

Example: Nocardia otitidis-caviarum has been corrected to Nocardia otitidiscaviarum, or Propionibacterium acidi-propionici has been corrected to Propionibacterium acidipropionici, or Treponema paraluis-cuniculi has been corrected to Treponema paraluiscuniculi.

Rule 12b

No specific or subspecific epithets within the same genus may be the same if based on different types (see Rules 13c, 40d and Section 9).

Example: Bacillus pallidus Scholz et al. 1988 is based on the nomenclatural type, strain H12; the specific epithet pallidus cannot be used for Bacillus pallidus Zhou et al. 2008, another bacterium whose name is based on a different type.

Rule 12c

A specific epithet may be taken from any source and may even be composed arbitrarily.

Example: thetaiotaomicron in Bacteroides thetaiotaomicron derived from a combination of the Greek letters theta, iota and omicron.

A specific epithet must be treated in one of the three following ways.

As an adjective that must agree in gender with the generic name.

Example: aureus in Staphylococcus aureus.
As a substantive (noun) in apposition in the nominative case.

Example: Desulfovibrio gigas or other names cited in Trüper and De’Clari [3].
As a substantive (noun) in the genitive case.

Example: coli in Escherichia coli.

Recommendation 12c

Authors should attend to the following Recommendations, and those of Recommendation 6, when forming specific epithets.

Choose a specific epithet that, in general, gives some indication of a property or of the source of the species.
Avoid those that express a character common to all, or nearly all, the species of a genus.
Ensure that, if taken from the name of a person, it recalls the name of one who discovered or described it, or was in some way connected with it, and possesses the appropriate gender (see Appendix 9).
Avoid in the same genus epithets which are very much alike, especially those that differ only in their last letters (see Rule 56a(4)).
Avoid the use of the genitive and the adjectival forms of the same specific epithet to refer to two different species of the same genus (see Rule 63).
If an ordinal adjective used for enumeration is chosen then they may include numbers up to ten. Example: primus, secundus.

Names of Subspecies

Rule 13a

The name of a subspecies is a ternary combination consisting of the name of a genus followed by a specific epithet, the abbreviation “subsp.” (subspecies), and finally the subspecific epithet.

Example: Bacillus subtilis subsp. spizizenii Nakamura et al. 1999.

For “variety” see Rule 5c.

Rule 13b

A subspecific epithet is formed in the same way as a specific epithet. When adjectival in form, it agrees in gender with the generic name.

Rule 13c

No two subspecies within the same species or within the same genus may bear the same subspecific epithet (see also Rules 12b and 40d).

Rule 13d

A subspecies that includes the type of the species must bear the same epithet as the species (see also Rules 40d and 45).

Names of Infrasubspecific Subdivisions

Rule 14a

The designations of the various taxa below the rank of subspecies are not subject to the Rules and Recommendations of this Code (for advice on their nomenclature, see Appendix 10).

Rule 14b

A Latin or latinized infrasubspecific designation may be elevated by a subsequent author to the status of a subspecies or species name providing that the resulting name is in conformity with the Rules. If so elevated, it ranks for purposes of priority from its date of elevation and is attributed to the author who elevates it, provided that the author who elevates it observes Rule 27.

Example: Pseudomonas cannabina (ex Šutič and Dowson 1959) Gardan et al. 1999; elevation of Pseudomonas syringae pathovar Cannabina of (Šutič and Dowson 1959) Young et al. 1978 by Gardan et al. [4].

Section 4. Nomenclatural Types and Their Designation

General

Rule 15

A taxon consists of one or more elements. For each named taxon of the various taxonomic categories (listed below), there shall be designated a nomenclatural type. The nomenclatural type, referred to in this Code as “type”, is that element of the taxon with which the name is permanently associated, whether as a correct name or as a later heterotypic synonym. The nomenclatural type is not necessarily the most typical or representative element of the taxon. The types are dealt with in Rules 16–22.

Types of the various taxonomic categories are presented in Table 2.

Table 2. Taxonomic Categories

Taxonomic category	Type
Subspecies Species	Designated strain; in special cases the place of the type strain may be taken by a description, preserved specimen, or an illustration (see Rule 18a(1))
Subgenus Genus	Designated species
Subtribe Tribe
Subfamily Family	Genus on whose name the name of the higher taxon is based
Suborder Order
Subclass Class	One of the contained orders

Rule 16

The type of a taxon must be designated by the author at the time the name of the taxon is published in the IJSEM (see Rules 15, 18a, b, f, 20a-c, 21a, 22, 27(3)).

Note. Authors who intend to publish the name in the IJSEM with reference to a previous effectively published description under Rule 27(2) are advised also to designate the type when publishing that description.

Note. If a previous effective publication does not designate a type then the type must be designated at the time of valid publication in IJSEM, in accordance with the Rules of this Code.

Rule 17

The type determines the application of the name of a taxon if the taxon is subsequently divided or united with another taxon.

Example: Ash et al. [5] proposed that the genus Bacillus be divided into the genera Bacillus and Paenibacillus, and the genus which contained the type species Bacillus subtilis must be named Bacillus.

Type of a Species or Subspecies

Rule 18a

Whenever possible, the type of a species or subspecies is a designated strain.

The type strain is made up of living cultures of an organism, which are descended from a strain designated as the nomenclatural type. The strain should have been maintained in pure culture and should agree closely to its characters with those in the original description (see Chapter 4C). The type strain may be designated in various ways (see Rules 18b, 18c, and 18d).

Until 31 December 2000, for a species (or subspecies) which has not so far been maintained in laboratory cultures or for which a type does not exist, a description, preserved specimen, or illustration (see also Rule 18f) may serve as the type.

Example: Non-cultivated, Oscillospira guilliermondii Chatton and Perard 1913.
As from 1 January 2001, a description, preserved (non-viable) specimen, or illustration may not serve as the type.

Rule 18b Designation by original author

If the author in the effective publication of the name of a species or subspecies definitely designated a type strain, then this strain shall be accepted as the type strain and may be referred to as the holotype.

Rule 18c Designation as neotype

If a strain on which the original description was based cannot be found, a neotype strain may be proposed.

A neotype strain must be proposed (proposed neotype) in the IJSEM, together with citation of the author(s) of the name, a description or reference to an effectively published description, and a record of the permanently established culture collection(s) where the strain is deposited (see also Note 1 to Rule 24a).

The author should show that a careful search for the strains used in the original description has been made and that none of them can be found. The author should also demonstrate that the proposed neotype agrees closely with the description given by the original author.

The neotype becomes established (established neotype) two years after the date of its publication in the IJSEM, provided that there are no objections, which must be referred within the first year of the publication of the neotype to the Judicial Commission for consideration.

Note. The term “strain” refers to the culture or subcultures of it, described in the original description. This is not restricted to the strain bearing the culture collection number mentioned in the valid publication, but refers to any culture knowingly derived from the original strain.

Example: Roop et al. [6] proposed a neotype strain (strain VPI S-17=ATCC 35980) for Campylobacter sputorum (Prévot 1940) Véron and Chatelain 1973 (Approved Lists 1980) because the type strain Forsyth ER33 was no longer extant. Any objection has been referred and the neotype strain of Campylobacter sputorum is the strain VPI S-17=ATCC 35980.

Rule 18d

A strain suggested as a neotype but not formally proposed in accordance with the requirements of Rule 18c (suggested neotype) has no standing in nomenclature until formally proposed and established.

Rule 18e

If an original strain that should constitute the type of a species is discovered subsequent to the formal proposal or establishment of a neotype for that species, the matter shall be referred immediately to the Judicial Commission.

Rule 18f

If a description or illustration constitutes, or a dead preserved specimen has been designated the type of a species (Rule 18a(1)) and later a strain of this species is cultivated, then the type strain may be designated by the person who isolated the strain or by a subsequent author. This type strain shall then replace the description, illustration or preserved specimen as the nomenclatural type. The designation of a type strain in this manner must be published in the IJSEM, the authorship and date of priority of publication being determined by the effective and valid publication of the name by the original authors (Rule 24b).

Rule 18g Change in characters of type and neotype strains

If a type or neotype strain has become unsuitable owing to changes in its characters or for other reasons, then the matter should be referred to the Judicial Commission, which may decide to take action leading to replacement of the strain.

Rule 19 Reference strains

A reference strain is a strain that is neither a type nor a neotype strain but a strain used in comparative studies, e.g. taxonomic or serological, or for chemical assay.

A reference strain has no standing in nomenclature, but it may, by subsequent action, be made a neotype.

Type of a Genus

Rule 20a

The nomenclatural type (see Rule 15) of a genus or subgenus is the type species, that is, the single species or one of the species included when the name was originally validly published. Only species whose names are legitimate may serve as types.

Rule 20b Designation by original author

If the author of the effective or valid publication of a generic or subgeneric name designated a type species, that species shall be accepted as the type species.

Rule 20c Genus with only one species

If the genus when originally published included only one species, then that species is the type species.

Rule 20d Designation by a subsequent author

The type species shall be selected from one of the species included when the genus was originally published.

Recommendation 20d

Authors are recommended to exclude the following species from consideration in selecting the type.

Doubtfully identified or inadequately characterized species.

Example: Lactobacillus caucasicus Beijerinck 1901 (Opinion 38; Judicial Commission [7]).
Species doubtfully referred to the genus.

Example: No example yet found.
Species which definitely disagree with the generic description.

Example: Halococcus litoralis (Poulsen) Schoop 1935.
Species mentioned as in any way exceptional, including species which possess characters stated in the generic description as rare or unusual.

Example: Pseudomonas mallei (Zopf) Redfearn et al. 1966 (Approved Lists 1980).

Rule 20e Designation by international agreement

If none of the species named by an author in the effective or valid publication of a generic name can be recognized, i.e. if no identifiable type species can be selected in accordance with the Rules, the Judicial Commission may issue an Opinion declaring such generic name to be a rejected name (nomen rejiciendum) and without standing in nomenclature (see Rule 23a, Note 4).

Example: Rejection of the generic name Gaffkya Trevisan 1885 (Opinion 39; Judicial Commission [8]).
However, a generic name for which no identifiable type species can be selected in accordance with the Rules might have come into use for identifiable species which were subsequently named. In this case, one of these later species may be selected as the type species and established as such by an Opinion of the Judicial Commission. The generic name is then ascribed to the author of the name of the species selected as the type species.

Example: Vibrio Pacini 1854 and its type species Vibrio cholerae Pacini 1854 (Approved Lists 1980) (Opinion 31; Judicial Commission [9]).

Rule 20f Retention of type species on publication of a new generic name

The valid publication of a new generic name as a deliberate substitute for an earlier one does not change the type species of the genus.

Example: The deliberate creation of Xanthomonas as a substitute for the name Phytomonas (not available, as it was already in use as the name of a protozoan genus) does not change the type species, which was Phytomonas campestris and which became Xanthomonas campestris.

Type of a Subgenus

Rule 20g

A genus and its type subgenus share the same type species.

Example: Moraxella lacunata is the type species of the genus Moraxella and of its type subgenus, Moraxella.

Type of a Taxon from Genus to Order (Subtribe, Tribe, Subfamily, Family, Suborder, and Order)

Rule 21a

The nomenclatural type (see Rule 15) of a taxon above genus, up to and including order, is the legitimate name of the included genus on whose name the name of the relevant taxon is based. One taxon of each category must include the type genus. The names of the taxa which include the type genus must be formed by the addition of the appropriate suffix to the stem of the name of the type genus (see Rule 9).

Example: Order, Pseudomonadales; suborder, Pseudomonadineae; family, Pseudomonadaceae; tribe, Pseudomonadeae; type genus, Pseudomonas.

Rule 21b

If the name of a family was not made in conformity with Rule 21a but its name has been conserved, then the type genus may be fixed by an Opinion of the Judicial Commission.

Example: The genus Escherichia is the type genus of the family Enterobacteriaceae (Opinion 15; Judicial Commission [10]).

Type of a Taxon Higher than Order

Rule 22

The type (see Rule 15) of a taxon higher than order is one of the contained orders, and if there is only one order this becomes the type. If there are two or more orders the type shall be designated by the author at the time of the proposal of the name.

Example: The order Bacillales of the class Firmibacteria, or the order Verrucomicrobiales of the class Verrucomicrobiae.

If not designated, the type of a taxon higher than order may be later designated by an Opinion of the Judicial Commission.

Example: None of the Opinions so far issued (A–C, 1–96) has dealt with this subject.

Section 5. Priority, Effective and Valid Publication of Names

Rule 23a

Each taxon above species, up to and including order, with a given circumscription, position, and rank can bear only one correct name, that is, the earliest that is in accordance with the Rules of this Code.

The name of a species is a binary combination of a generic name and specific epithet (see Rule 12a). In a given position, a species can bear only one correct epithet, that is, the earliest that is in accordance with the Rules of this Code.

Example: The species Haemophilus pleuropneumoniae bears this name in the genus Haemophilus. When placed in the genus Actinobacillus, it bears the name Actinobacillus pleuropneumoniae.

Note 1. In the case of a species, Rule 23a must be applied independently to the generic name and the specific epithet. The specific epithet remains the same on transfer of a species from one genus to another unless the specific epithet has been previously used in the name of another species or subspecies in the genus to which the species is to be transferred (see Rule 41a).

Note 2. The name of a subspecies is a ternary combination of a generic name, a specific epithet, and a subspecific epithet (see Rule 13c). In a given position a subspecies can bear only one correct subspecific epithet, that is, the earliest that is in accordance with the Rules of this Code. In the case of a subspecies, Rule 23a must be applied independently to the specific and subspecific epithets. The subspecific epithet remains the same on transfer of a subspecies from one species to another, unless the subspecific epithet has been previously used in the name of another species or subspecies in the genus to which the subspecies is to be transferred (see Rule 41a).

Note 3. The date from which all priorities were determined under the previous revisions of the Code was 1 May 1753. After 1 January 1980, under Rule 24a all priorities date from 1 January 1980 (see also Rule 24b).

Note 4. The Judicial Commission may make exceptions to Rule 23a by the addition of names to the list of conserved names (nomina conservanda) or to the list of rejected names (nomina rejicienda) (see Appendix 4). The Judicial Commission may correct the Approved Lists (see Rule 24a).

By conserved name (nomen conservandum) is meant a name which must be used instead of all earlier synonyms and homonyms. By rejected name (nomen rejiciendum) is meant a name which must not be used to designate any taxon. Only the Judicial Commission can conserve or reject names (see also Rules 56a and 56b).
Opinions on the conservation or rejection of names, issued by the Judicial Commission, are published with other Opinions in the IJSEM. Opinions are now numbered serially.

Note 5. Names and epithets may be:

legitimate – in accordance with the Rules;
illegitimate – contrary to the Rules;
effectively published – in printed and/or electronic matter made generally available to the scientific community (see Rule 25);
validly published – effectively published and accompanied by a description of the taxon or a reference to a description and certain other requirements (see Rules 27–32);
correct – the name which must be adopted for a taxon under the Rules.

Rule 23b

The date of a name or epithet is that of its valid publication. For purposes of priority, however, only legitimate names and epithets are taken into consideration (see Rules 32b and 54).

Rule 24a

Valid publication of names (or epithets) which are in accordance with the Rules of this Code dates from the date of publication of the Code.

Priority of publication dates from 1 January 1980. On that date all names published prior to 1 January 1980 and included in the Approved Lists of Bacterial Names are treated for all nomenclatural purposes as though they had been validly published for the first time on that date, the existing types being retained (but see Rule 24b).

Note 1. Names of prokaryotes in the various taxonomic categories published up to 31 December 1977 were assessed by the Judicial Commission with the assistance of taxonomic experts. Lists of names were prepared together with the names of the authors who originally proposed the names. These Approved Lists of Bacterial Names were approved by the ICSB and published in the IJSB on 1 January 1980. Names validly published between 1 January 1978 and 1 January 1980 were included in the Approved Lists of Bacterial Names (see Appendix 2).

No further names will be added to the Approved Lists. Those names validly published prior to 1 January 1980 but not included in the Approved Lists have no further standing in nomenclature. They were not added to the lists of nomina rejicienda and are thus available for reuse in the naming of new taxa. The reuse of a particular name cannot be recommended if such reuse is likely to result in confusion due to previous or continuing use of the name as a synonym, a strain designation, or for other reasons.

The Approved Lists of Bacterial Names contain for each name a reference to an effectively published description and the type whenever possible. In the case of species or subspecies, if a type strain is available it is listed by its designation and the culture collection(s) from which it may be obtained is indicated. If such a strain is not available, a reference strain or reference material is listed if possible. Neotypes may be proposed in conformity with Rule 18c on such lists. (For citation of names on the Approved Lists, see Rules 33b and 34a.)

Note 2. These Approved Lists may contain more than one name attached to the same type (homotypic synonyms) since the names on the list represent those names which are considered reasonable in the present state of bacteriological nomenclature and taxonomy and represent the views of many bacteriologists who may hold different taxonomic opinions.

Note 3. Synonyms may be homotypic synonyms (i.e., more than one name has been associated with the same type) or heterotypic synonyms (i.e., different names have been associated with different types that in the opinion of the bacteriologist concerned belong to the same taxon). The synonym first published is known as the earlier synonym, and later synonyms are known as later synonyms.

Publication of homotypic synonyms in the Approved Lists does not affect prokaryotic nomenclature any more than does the valid publication of homotypic synonyms in different works in the bacteriological literature at present.

Examples: Homotypic synonyms – Pseudomonas mallei (Zopf 1885) Redfearn et al. 1966 (Approved Lists 1980) and Burkholderia mallei (Zopf 1885) Yabuuchi et al. 1993 are based on the same type. Heterotypic synonyms – Kelly and Wood [11] regard Thiobacillus concretivorus Parker 1945 as a heterotypic synonym of Thiobacillus thiooxidans Waksman and Joffe 1922. These two species have different types.

Rule 24b

If two names compete for priority and if both names date from 1 January 1980 on an Approved List, the priority shall be determined by the date of the effective publication of the name before 1 January 1980.

Should the two names bear the same date, then priority shall be determined by page number. If this fails to determine priority then it shall be determined by the order of publication in the effective publication.

Example: Caulobacter halobacteroides Poindexter 1964 and Caulobacter maris Poindexter 1964 were described on the same page.
If two names published after 1 January 1980 (and therefore not included on the Approved Lists, 1980, or the Corrigenda, 1984) compete for priority, priority is determined by the date of the valid publication or announcement of the name in the IJSEM. Where the two names appear in the same issue of IJSEM, priority is determined by page number; a name appearing on a lower page number of the same issue is deemed to be the earlier. Should the page number not determine priority, this shall be determined by the order of valid publication of the names in original articles in IJSEM. Where two names effectively published in other journals, are validly published by announcement on the same Validation List in IJSEM, priority is established by the sequence number on the list.

Note 1. In order to implement Rule 24b(2) in the fairest manner, names submitted for inclusion in the Validation List will include a sequence number that reflects the date of receipt of the validation request in the form that is accepted for publication.

Example: Koch et al. [12] consider Rhodococcus erythropolis (Gray and Thornton 1928) Goodfellow and Alderson 1979 (Approved Lists 1980) to be an earlier heterotypic synonym of Arthrobacter picolinophilus Tate and Ensign 1974 (Approved Lists 1980).

Example: Sly et al. [13] regard Streptococcus caprinus Brooker et al. 1996 as a heterotypic synonym of Streptococcus gallolyticus Osawa et al. 1996. Streptococcus gallolyticus (Validation List no. 56, priority number 2) having priority over Streptococcus caprinus (Validation List no. 56, priority number 7).

Rule 24c

The Judicial Commission may place on the list of rejected names (nomina rejicienda) a name previously published in an Approved List.

Rule 25a Effective publication

Effective publication is effected under this Code by making generally available, by sale or distribution, to the scientific community, printed and/or electronic material for the purpose of providing a permanent record.

When a name of a new taxon is published in a work written in a language unfamiliar to the majority of workers in bacteriology, it is recommended that the author(s) include in the publication a description in English.

Note. Electronic publication should follow the tradition of publication of printed matter acceptable to this Code.

Rule 25b

No other kind of publication than that cited in Rule 25a is accepted as effective, nor are the following.

Communication of new names at a meeting, in minutes of a meeting, or, after 1950, in abstracts of papers presented at meetings.
Placing of names on specimens in collections or in listings or catalogues of collections.
Distribution of microfilm, microcards, or matter reproduced by similar methods.
Reports in ephemeral publications, newsletters, newspapers after 1900, or non-scientific periodicals.
Inclusion of a name of a new taxon of prokaryote in a published patent application or issued patent.
Making available electronic material in advance of publication (e. g. papers in press, or otherwise making unpublished manuscripts available in electronic format).

Rule 26a Date of publication

The date of publication of a scientific work is the date of publication of the printed and/or electronic matter. The date given to the work containing the name or epithet must be regarded as correct in the absence of proof to the contrary.

Rule 26b

The date of acceptance of an article for publication if given in a publication does not indicate the effective date of publication and has no significance in the determination of the priority of publication of names.

Valid and Invalid Publication

Rule 27

A name of a new taxon, or a new combination for an existing taxon, is not validly published unless the following criteria are met.

The name is published in the IJSB/IJSEM.
The publication of the name in the IJSB/IJSEM is accompanied by a description of the taxon or by a reference to a previous effectively published description of the taxon (see Rules 16, 25a and 25b and, for genus and species, Rules 29–32). As of 1 January 2001 the following criteria also apply
- a. The new name or new combination should be clearly stated and indicated as such (i.e. fam. nov., gen. nov., sp. nov., comb. nov., etc.).
- b. The derivation (etymology) of a new name (and if necessary of a new combination) must be given.
- c. The properties of the taxon being described must be given directly after (a) and (b). This may include reference to tables or figures in the same publication, or reference to previously effectively published work.
- d. All information contained in (c) should be accessible.
The type of the taxon must be designated (see Rules 15, 16, 18a, b, f, 20a-c, 21a and 22). In the case of species or subspecies including new combinations, the type strains must be deposited according to Rule 30.

Note 1. Valid publication of the name of a taxon requires publication in the IJSB/IJSEM of the name of the taxon and reference to an effectively published description whether in the IJSB/IJSEM or in another publication. The date of valid publication is that of publication in the IJSB/IJSEM. The name may be mentioned in a previously published description, but the name is not validly published until its publication in the IJSB/IJSEM.

If the initial proposal of the new name or new combination is not effectively published in the IJSB/IJSEM, valid publication (announcement in a Validation List) of the name in the IJSB/IJSEM is primarily the responsibility of the author of the name or combination together with the requirements of Rule 27(2) and (3) above. However, other individuals may also submit a new name or new combination for valid publication provided it conforms to the Rules of this Code.

At the request of the Judicial Commission, the IJSB/IJSEM provides a Notification List which lists all nomenclatural changes as well as listing changes in taxonomic opinion that have occurred in an issue of the journal. This list has no formal status in prokaryote nomenclature except to allow for orthographic corrections to be made.

In the case of a name of a new taxon (rather than a new combination for a taxon already described), a type must be designated in the effective or valid publication. It is recommended that the type of a species or subspecies be deposited in a recognized culture collection [see Rule 30 (3a) and Rule 30 (3b)] and that the description of the taxon conform to minimal standards (see Recommendation 30).

Note 2. When a new species or a new combination results in the proposal of a new genus, both the genus name and the new species name or new combination must be validly published. Valid publication of the new species or new combination alone does not constitute valid publication of the new genus.

Rule 28a

An author validly publishing a new name after 1 January 1980 may revive a name published prior to 1 January 1980 (see Rule 24a) but not listed in one of the Approved Lists of Bacterial Names unless the name is a nomen rejiciendum. The name may be used whether or not the new taxon is related in any way to the taxon to which the name was originally applied.

Authority for the name must be claimed by the new author. However, if the author wishes to indicate that the name is a revived name and is used to describe a taxon with the same circumscription, position, and rank as that given by the original author, this may be done by appending the abbreviation “nom. rev.” (revived name) to the name (see Rule 33c).

The proposal must contain a brief diagnosis, i.e. a statement or list of those features that led the author to conclude that the proposed taxon is sufficiently different from other recognized taxa to justify its revival. The data included in the statement may be taken from the earlier description and may include newer data, when appropriate. The description of the taxon and derivation of the name must conform to the requirements of Rule 27(2). The type must also be designated [see Rule 27(3)].

Note 1. A new name which was previously published before 1 January 1980 is only considered to be already validly published if the name was included in the Approved Lists of Bacterial Names.

Note 2. Since revived names are treated as new names, they require valid publication, and the date of priority of publication of a revived name is that of the publication in the IJSEM (see Rule 27).

Note 3. Search for publication of names and effectively published descriptions prior to 1 January 1980 is no longer required. The Approved Lists of Bacterial Names form the foundation of a new prokaryotic nomenclature and taxonomy.

Rule 28b

A name or epithet is not validly published in the following circumstances.

It was not accepted at the time of publication by the author who published it.

Example: Muellerina de Petschenko 1910 (Opinion 10; Judicial Commission [14]). Names or epithets published with a question mark or other indication of taxonomic doubt yet accepted by the author are not validly published.
It was merely proposed in anticipation of the future acceptance of the taxon concerned or the acceptance of a particular circumscription, position, or rank for the taxon which is being named or in anticipation of the future discovery of some hypothetical taxon.

Examples: (a) Clostridium Fischer 1895 (Opinion 20; Judicial Commission [15]); (b) Corynebactenum hemophilum Svendsen et al. 1947. “Its haemophilic properties might be used in coining a name, and the name Corynebacterium hemophilum is suggested in case further investigation should justify its rank as a species”.
It was mentioned incidentally. Incidental mention of a new name means mention by an author who does not clearly state or indicate that he is proposing a new name or combination.

Examples: (a) Pseudobacterium Trevisan 1888. (b) Raj [16] stated: “Also, recently another organism tentatively named as Microcyclus marinus was isolated from the ocean.”

Valid Publication of the Name of a Genus or Subgenus, including a Monotypic Genus

Rule 29

For a generic or subgeneric name to be validly published it must comply with the following conditions.

It must be published in conformity with Rules 27 and 28b.
The genus or subgenus named must include one or more described or previously described species.

Instead of a new description of the genus or subgenus, a citation to a previously and effectively published description of the genus as a subgenus (or subgenus as a genus) may be given.

Example: Not yet found.

In the case of a genus containing a single species, a combined generic and specific description may be given.

Example: Propioniferax innocua (Pitcher and Collins 1992) Yokota et al. 1994 or Lamprocystis roseopersicina (Kützing 1849) Schroeter 1886 (Approved Lists 1980).

Recommendation 29

A description of a genus or subgenus should mention the points in which the genus or subgenus differs from related genera or subgenera. Where possible, the family to which it belongs should be mentioned.

Valid Publication of the Name of a Species

Rule 30

For the name of a species to be validly published, it must conform with the following conditions.

It must be published in conformity with Rules 27 and 28b.
It must be published as a binary combination consisting of a genus name followed by a single species epithet (see Rule 12a).
- Up to 31 December 2000, before publication of the name of a new species, a culture of the type strain (or, if the species is non-cultivable, type material, a photograph or an illustration, see Rule 18a) should be deposited in at least one of the permanently established culture collections from which it would be readily available. The designation allotted to the strain by the culture collections should be quoted in the published description.
- As of 1 January 2001, the description of a new species, or new combinations previously represented by viable cultures must include the designation of a type strain (see Rule 18a), and a viable culture of that strain must be deposited in at least two publicly accessible culture collections in different countries from which subcultures must be available. The designations allotted to the strain by the culture collections should be quoted in the published description. Evidence must be presented that the cultures are present, viable, and available at the time of publication.
  
  Note. In exceptional cases, such as organisms requiring specialized facilities (e.g. Risk Group/Biological Safety Level 3, high pressure requirements, etc.), exceptions may be made to this Rule. Exceptions will be considered on an individual basis by a committee consisting of the Chairman of the ICSP, the Chairman of the Judicial Commission and the Editor of the IJSEM. Exceptions will be made known at the time of publication.
Organisms deposited in such a fashion that access is restricted, such as safe deposits or strains deposited solely for current patent purposes, may not serve as type strains.

Recommendation 30

Before publication of the name and description of a new species, the examination and description should conform at least to the minimal standards (if available) required for the relevant taxon of prokaryote.

Note 1. Lists of minimal standards are being prepared for each group of prokaryotes by experts at the request of the Judicial Commission for consideration by the Judicial Commission and the ICSP for publication in the IJSEM (see Appendix 6). Such standards include tests for the establishment of generic identity and for the diagnosis of the species, i.e. an indication of characters which would distinguish the species from others.

Note 2. It is the aim of minimal standards to provide guidance on the description of taxa for taxonomists seeking such advice. However, these standards are not to be applied in such a way as to contradict Principle 1(4).

Rule 31a

The name of a species or a subspecies is not validly published if the description is demonstrably ambiguous and cannot be critically identified for purposes of the precise application of the name of a taxon.

Examples: (a) ‘Methanobacillus omelianskii’ Bryant et al. 1967, whose description included all component species, was treated as a single species and was thus illegitimate; (b) Syntrophobacter wolinii Boone and Bryant 1984 is legitimate, because the species description applies to one member of the syntrophic association with a hydrogen-producing organism.

Rule 31b

The name of a consortium is not regulated by this Code, and such a name has no standing in nomenclature.

Example: Cylindrogloea bacterifera Perfiliev 1914.

Note. A consortium is an aggregate or association of two or more organisms.

Valid Publication of the Name of a Subspecies

Rule 32a

For the name of a subspecies to be validly published, it must conform with the following conditions.

It must be published in conformity with Rules 27 and 28b.
It must be published as a ternary combination consisting of the generic name followed by a single specific epithet and this in turn by a single subspecific epithet, with the abbreviation “subsp.” between the two epithets to indicate the rank (see Rule 13a).

Example: Bacillus subtilis subsp. subtilis.
The author must clearly indicate that a subspecies is being named.

Recommendation 32a

Recommendation 30 applies to the name of a subspecies with replacement of the word “species” by the word “subspecies”.

Publication of a Specific or Subspecific Epithet

Rule 32b

A specific (or subspecific) epithet is not rendered illegitimate by publication in a species (or subspecies) name in which the generic name is illegitimate (see also Chapter 3, Section 8, and example for Rule 20f).

Section 6. Citation of Authors and Names

Proposal and Subsequent Citation of the Name of a New Taxon

Rule 33a

An author should indicate that a name is being proposed for a new taxon by the addition of the appropriate abbreviation for the category to which the taxon belongs.

Note 1. Appropriate abbreviations are: “ord. nov.” for ordo novus, “gen. nov.” for genus novum, “sp. nov.” for species nova, “comb. nov.” for combinatio nova. Similar abbreviations may be formed as required.

Note 2. Although words or abbreviations in Latin are usually printed in italics, such abbreviations as the above are frequently printed in Roman or boldface type when they follow a Latin scientific name in order to differentiate them from the name and draw attention to the abbreviation.

Examples: Order, Actinomycetales ord. nov.; family, Actinomycetaceae fam. nov.; genus, Actinomyces gen. nov.; species, Actinomyces bovis sp. nov.

Rule 33b

The citation of the name of a taxon that has been previously proposed should include both the name of the author(s) who first published the name and the year of publication. If there are more than two authors of the name, the citation includes only the first author followed by “et al.” and the year.

Examples: Actinomyces bovis Harz 1877 (Approved Lists 1980); Acetobacterium woodii Balch et al. 1977 (Approved Lists 1980).

Note 1. Correct citation of a name enables the date of publication to be verified, the original description to be found, and the use of the name by different authors for different organisms to be distinguished.

Example: Mycobacterium terrae Wayne 1966 (Approved Lists 1980), not Mycobacterium terrae Tsukamura 1966.

Note 2. Full citation of the publication should include reference to the page number(s) in the main text of the scientific work in which the name was proposed, not to the summary or abstract of that text even if proposal of the name is mentioned in that summary or abstract.

Example: Bacillus subtilis (Ehrenberg 1835) Cohn 1872, 174. The page number “174” is the page in Cohn’s publication [17] on which the proposal of the new combination occurs.

Note 3.

The citation of a name which is included in an Approved List can include the name of the original author and date of publication followed by the words “Approved Lists” in parentheses.

Example: Bacillus cereus Frankland and Frankland 1887 (Approved Lists 1980); Bacillus subtilis (Ehrenberg 1835) Cohn 1872 (Approved Lists 1980).
Alternatively, a name which is included in an Approved List may be cited simply by the addition of the words ‘‘Approved Lists’’ in parentheses.

Examples: Bacillus cereus (Approved Lists 1980); Bacillus subtilis (Approved Lists 1980).
If indication is given that a name is included in an Approved List without specification of that list, the abbreviation ‘‘nom. approb.’’ (nomen approbatum) may be appended to the name of the taxon.

Example: Bacillus subtilis nom. approb.

Rule 33c

If a name or epithet which was published prior to 1 January 1980 but not included in an Approved List is proposed by an author for a different or for the same taxon, the name or epithet must be attributed to the author of the proposal (Rule 28a), and the citation should be made according to Rules 33a, 33b, 34a and 34b.

Note 1. If a name or epithet is revived for the same taxon (in the author’s opinion), the author may indicate the fact by addition of the abbreviation ‘‘nom. rev.’’ (nomen revictum) after the correct abbreviation (Rule 33a) for the category concerned.

Example: Actinobacillus seminis sp. nov., nom. rev., or Leptothrix discophora sp. nov., nom. rev.

Note 2. If an author wishes to indicate the names of the original authors of a revived name, he may do so by citation of the name of the taxon, followed by the word ‘‘ex’’ and the name of the original author and the year of publication, in parentheses, followed by the abbreviation ‘‘nom. rev.’’

Example: Leptothrix discophora (ex Schwers 1912) nom. rev. A subsequent author citing this revived name would use the citation Leptothrix discophora Spring et al. 1997, or Leptothrix discophora (ex Schwers 1912) Spring et al. 1997.

Note 3. If an author wishes to indicate that a reused name has been used for a different taxon, indication is made by citation of the name and the author and year of publication followed by the word ‘‘non’’ (or ‘‘not’’) and the name and year of the publication of the author who first used the name.

Example: Achromobacter Yabuuchi and Yano 1981 non Achromobacter Bergey et al. 1923.

Rule 33d

If a name is revived under Rule 33c it may be revived in a new combination; that is, the revived species may be transferred to another genus, or the revived subspecies may be transferred to another species, at the time the name is revived. It is not necessary first to revive the name in the original combination.

Example: ‘Actinobacterium meyeri’ has been revived by Cato et al. [18] as a species of the genus Actinomyces as Actinomyces meyeri (ex Prévot 1938) Cato et al. 1984 nom. rev., comb. nov. A subsequent author can cite it as Actinomyces meyeri (ex Prévot 1938) Cato et al. 1984.

Proposal and Subsequent Citation of a New Combination

Rule 34a

When an author transfers a species to another genus (Rule 41), or a subspecies to another species, then the author who makes the transfer should indicate the formation of the new combination by the addition to the citation of the abbreviation ‘‘comb. nov.’’ (combinatio nova).

This form of citation should be used when the author retains the original specific epithet in the new combination; however; if an author is obliged to substitute a new specific epithet as a result of homonymy, the abbreviation ‘‘nom. nov.’’ (nomen novum) should be used [see Rule 41a(1)]. The original name is referred to as the basonym.

Example: Anaerovibrio glycerini Schauder and Schink 1996; Anaerosinus glycerini (Schauder and Schink 1996) Strömpl et al. 1999.

Note 1. If an author transfers a species which has been included in the Approved Lists to another genus, the proposal of the new combination should be made by the addition of the abbreviation ‘‘comb. nov.’’ (combinatio nova) followed in parentheses by the name under which it appeared in the Approved Lists.

Example: The species Pseudomonas saccharophila Doudoroff 1940 appeared on the Approved Lists and was transferred by Xie and Yokota [19] to the genus Pelomonas, then the proposal by Xie and Yokota would be as follows: Pelomonas saccharophila (Doudoroff 1940) comb. nov. Pseudomonas saccharophila (Approved Lists 1980). Another author citing this proposal would then use the citation Pelomonas saccharophila (Doudoroff 1940) Xie and Yokota 2005 comb. nov. (Pseudomonas saccharophila Approved Lists 1980).

Rule 34b

The citation of a new combination which has been previously proposed should include the name of the original author in parentheses followed by the name of the author(s) who proposed the new combination and the year of publication of the new combination.

Example: Microbacterium oxydans (Chatelain and Second) Schumann et al. 1999 or Microbacterium oxydans (Chatelain and Second 1966) Schumann et al. 1999.

Note 1. The inclusion of the date of the publication of the original author of the name is to be preferred, although it is sometimes omitted since the date can be expected to be found in the publication of the author(s) who proposed the new combination.

Example: Microbacterium oxydans (Chatelain and Second 1966) Schumann et al. 1999 is to be preferred to Microbacterium oxydans (Chatelain and Second) Schumann et al. 1999.

Note 2. When, however, the author who formed the new combination was obliged to substitute a new specific epithet to avoid homonymy [see Rule 41a(1)], the name of the author of the original specific epithet is omitted.

Example: Flavobacterium hydatis Bernardet et al. 1996 is correct, not Flavobacterium hydatis (Strohl and Tait 1978) Bernardet et al. 1996 [see Example to Rule 41a(1) for an explanation].

Rule 34c

When a taxon from subspecies to genus is altered in rank but retains its name or epithet, the original author(s) must be cited in parentheses followed by the name of the author(s) who effected the alteration and the year of publication.

Example: Bifidobacterium globosum (ex Scardovi et al. 1969) Biavati et al. 1982 to Bifidobacterium pseudolongum subsp. globosum (Biavati et al. 1982) Yaeshima et al. 1992.

Citation of the Name of a Taxon whose Circumscription Has Been Emended

Rule 35

If an alteration of the diagnostic characters or of the circumscription of a taxon modifies the nature of the taxon, the author responsible may be indicated by the addition to the author citation of the abbreviation ‘‘emend.’’ (emendavit) followed by the name of the author responsible for the change.

Example: Rhodopseudomonas Czurda and Maresch 1937 emend. van Niel 1944 (see Opinion 49; Judicial Commission [20]).

Citation of a Name Conserved so as to Exclude the Type

Rule 36

A name conserved so as to exclude the type is not to be ascribed to the original author, but the author whose concept of the name is conserved must be cited as authority.

Example: The original type species of the genus Aeromonas was rejected as a nomen dubium. (Opinion 48; Judicial Commission [21]). The generic name Aeromonas is now attributed to Stanier 1943, not to Kluyver and van Niel 1936, and with a new type species, A. hydrophila.

Section 7. Changes in Names of Taxa as a Result of Transference, Union, or Change in Rank

Rule 37a

The name of a taxon must be changed if the nomenclatural type of the taxon is excluded.

Example: On transferring the type species of the genus Micropolyspora Lechevalier et al. 1961, Micropolyspora brevicatena Lechevalier et al. 1961 to the genus Nocardia, Goodfellow and Pirouz [22] did not provide a solution for the taxonomic position of Micropolyspora angiospora Zhukova et al. 1968, Micropolyspora faeni Cross et al. 1968 Micropolyspora internatus Agre et al. 1974 and Micropolyspora rectivirgula (Krasil'nikov and Agre 1964) Prauser and Momirova 1970, which they should have removed from the genus Micropolyspora.
Retention of a name in a sense which excludes the type can only be effected by conservation and only by the Judicial Commission (see also Rule 23a). At the time of conservation, the new type is established by the Judicial Commission.

Rule 37b

A change in the name of a taxon is not warranted by an alteration of the diagnostic characters or of the circumscription. A change in its name may be required by one of the following.

An Opinion of the Judicial Commission [see Rule 37a(2) above].
Transfer of the taxon (see Rule 41).
Union with another taxon (Rules 42–44, 47a, and 47b).
Change of its rank (Rules 48, 49, 50a, 50b).

Rule 38

When two or more taxa of the same rank are united, then the name of the taxon under which they are united (and therefore the type of the taxon) is chosen by the rule of priority of publication.

Example: White [23] united Eberthella Bergey et al. 1923 [20] with Salmonella Lignières 1900 and retained the earlier name, Salmonella.

Note. Eberthella was raised by Bergey et al. [24] to a genus from the subgeneric name, Eberthella Buchanan 1918.

If, however, this choice would lead to confusion in bacteriology, the author should refer this matter to the Judicial Commission. (For taxa above the rank of species, see also Rule 47a).

Example: Not yet found.

Division of a Genus into Genera or Subgenera, and of a Subgenus into Subgenera

Rule 39a

If a genus is divided into two or more genera or subgenera, the generic name must be retained for one of these. If the name has not been retained (in a previous publication), it must be re-established under Rule 39b. (See Rule 49 when a subgenus is raised to genus).

Rule 39b

When a particular species has been designated as the type, the generic name must be retained for the genus which includes that species. When no type was designated a type must be chosen (Editorial Note: should not be needed in the future; see Rule 27).

Rule 39c

The principles of Rules 39a and 39b apply when a subgenus is divided into two or more subgenera, the original subgeneric name being retained for that subgenus which contains the type species.

Division of a Species into Species or Subspecies, and of a Subspecies into Subspecies

Rule 40a

When a species is divided into two or more species or subspecies, the specific epithet of the original species must be retained for one of the taxa into which the species is divided or, if the epithet has not been retained (in a previous publication), it must be re-established. (See Rule 50a when a subspecies is elevated to a species).

Rule 40b

The specific epithet must be retained for the species or subspecies which includes the type strain. When no type was designated, one must be chosen.

Example: If the species Bacillus subtilis is divided into subspecies, the subspecies containing the type strain must be named Bacillus subtilis subsp. subtilis.

Rule 40c

The principles of Rules 40a and 40b apply when a subspecies is divided into two or more subspecies, the original subspecies name being retained for that subspecies which contains the type strain.

Note. Although the specific and subspecific epithets in the name of a type subspecies are the same, they do not contravene Rule 12b because they are based on the same type.

Rule 40d

The valid publication of a subspecific name which excludes the type of the species automatically creates another subspecies which includes the type and whose name bears the same specific and subspecific epithets as the name of the type.

Example: Publication of Bacillus subtilis subsp. spizizenii Nakamura et al. 1999 automatically created a new subspecies Bacillus subtilis subsp. subtilis.

The author of the species name is to be cited as the author of such an automatically created subspecific name.

Example: Vibrio subtilis Ehrenberg to Bacillus subtilis Cohn 1872 comb. nov. to Bacillus subtilis subsp. subtilis Nakamurag et al. 1999 subsp. nov. The correct authorship of the subspecies is Bacillus subtilis subsp. subtilis (Ehrenberg 1835) Nakamura et al. 1999 [Ehrenberg for the epithet and Nakamura for the new subspecies].

Transfer of a Species to Another Genus

Rule 41a

When a species is transferred to another genus without any change of rank, the specific epithet must be retained, or if it has not been retained (in a previous publication), it must be re-established, unless (see Rule 23a Note 1):

The resulting binary combination would be a later homonym.

Example: Bernardet et al. [25] proposed Flavobacterium hydatis for Cytophaga aquatilis Strohl and Tait 1978 (Approved Lists 1980) on transfer to Flavobacterium because in that genus the name Flavobacterium aquatile already existed.
There is available an earlier validly published and legitimate specific or subspecific epithet.

Example: Not yet found.

Rule 41b

When the name of a genus is changed, the specific epithets of the species included under the original generic name must be retained for the same species if they are transferred to the new genus.

Union of Taxa of Equal Rank

Rule 42

In the case of subspecies, species, subgenera, and genera, if two or more of those taxa of the same rank are united, the oldest legitimate name or epithet is retained.

If the names or epithets are of the same date, the author who first unites the taxa has the right to choose one of them, and his choice must be followed.

Recommendation 42

Authors who have to choose between two generic names of the same date should note the following:

Prefer the one which is better known.
Prefer the one which was first accompanied by the description of a species.
If both are accompanied by descriptions of species, prefer the one which includes the larger number of species.
In cases of equality from these points of view, prefer the more appropriate name.

Union of Genera as Subgenera

Rule 43

When several genera are united as subgenera of one genus, the subgenus which includes the type species of the genus under which union takes place must bear the same name as that genus.

Example: The subgenus name Lactobacillus Beijerinck 1901 must be used instead of Thermobacterium for the subgenus that contains the type species Lactobacillus delbrueckii (see Bergey’s Manual, 7th edn, p. 543 [26], and Opinion 38; Judicial Commission [7]).

Union of Species of Two or More Genera as a Single Genus

Rule 44

If two or more species of different genera are brought together to form a genus, and if these species include the type species of one or more genera, the name of the genus is that associated with the type species having the earliest legitimate generic name.

If no type species is placed in the genus, a new generic name must be proposed and a type species selected.

Example: Brevibacterium Breed 1953. None of the included species was a type species of the genera from which the species were transferred, so a new name, Brevibacterium, was proposed, with Brevibacterium linens as the type species.

Union of Species as Subspecies

Rule 45

When several species are united as subspecies under one species, the subspecies which includes the type strain of the species under whose name they are united must be designated by the same epithet as the species.

Example: Streptomyces griseus subsp. griseus (see pp. 214 and 224 in Pridham et al. [27]).

Rule 46

Editorial Note. The former Rule 46 has been relocated as Rule 40d. This rule only remains here only as a placeholder in order to avoid renumbering Rules 47 and above. Rule 46 should not be cited.

Union of Taxa above Species under a Higher Taxon

Rule 47a

When two or more taxa of the same rank from subtribe to family inclusive are united under a taxon of higher rank, the higher-ranking taxon should derive its name from the name of the earliest legitimate genus that is a type genus of one of the lower-ranking taxa.

If, however, the use of this generic name would lead to confusion in bacteriology, then the author may choose as type a genus which, in his opinion, leads to the least confusion and, if in doubt, should refer the matter to the Judicial Commission.

Note. The type of a taxon above the rank of genus is one of the contained genera (Rule 15). The name of the type subgenus is the same as that of the type genus; therefore, only the names of genera need to be considered.

Example: Buchanan in Breed et al. [28] followed the law of priority in combining the families Beggiatoaceae Migula 1894 and Vitreoscillaceae Pringsheim 1949 into the new order Beggiatoales, whose type is Beggiatoa Trevisan 1842, which has priority over Vitreoscilla Pringsheim 1949. In contrast, Breed et al. [24] chose Pseudomonas Migula 1894 over Spirillum Ehrenberg 1832 and Nitrobacter Winogradsky 1892 to form the name of a new suborder; Pseudomonadineae Breed et al. 1957.

Rule 47b

If no type genera were placed in the taxon, a new name based on the selected type must be proposed for the taxon.

Example: Peptococcaceae Rogosa 1971 (see p. 235 in Rogosa [29]).

Change in Rank

Rule 48

When the rank of a taxon between subgenus and order is changed, the stem of the name must be retained and only the suffix altered unless the resulting name must be rejected under the Rules (see Rule 9).

Example: Elevation of the tribe Pseudomonadeae to the family Pseudomonadaceae.

Rule 49

When a genus is lowered in rank to subgenus, the original name must be retained unless it is rejected under the Rules. This also applies when a subgenus is elevated to a genus.

Example: Bøvre [30] lowered the genus Branhamella Catlin 1970 in rank to subgenus, the name of the subgenus is Branhamella (Catlin 1970) Bøvre 1979.

Rule 50a

When a subspecies is elevated in rank to a species, the subspecific epithet in the name of the subspecies must be used as the specific epithet of the name of the species unless the resulting combination is illegitimate.

Example: Campylobacter pylori subsp. mustelae Fox et al. 1988 becomes Campylobacter mustelae (Fox et al. 1988) Fox et al. 1989.

Rule 50b

When a species is lowered in rank to a subspecies, the specific epithet in the name of the species must be used as the subspecific epithet of the name of the subspecies unless the resulting combination is illegitimate.

Example: Bifidobacterium globosum (ex Scardovi et al. 1969) Biavati et al. 1982 becomes Bifidobacterium pseudolongum subsp. globosum (Biavati et al. 1982) Yaeshima et al. 1992.

Section 8. Illegitimate Names and Epithets: Replacement, Rejection, and Conservation of Names and Epithets

Illegitimate Names

Rule 51a

A name contrary to a Rule is illegitimate and may not be used. However, a name of a taxon which is illegitimate when the taxon is in one taxonomic position is not necessarily illegitimate when the taxon is in another taxonomic position.

Example: If the genus Diplococcus Weichselbaum 1886 is combined with the genus Streptococcus Rosenbach 1884, Diplococcus is illegitimate as the name of the combined genus because it is not the earlier name. If the genus Diplococcus Weichselbaum is accepted as separate and distinct, then the name Diplococcus is legitimate.

Rule 51b

Among the reasons for which a name may be illegitimate are the following.

If the taxon to which the name was applied, as circumscribed by the author, included the nomenclatural type of a name which the author ought to have adopted under one or more of the Rules.

Example: If an author circumscribes a genus to include Bacillus subtilis, the type species of the genus Bacillus, then the circumscribed genus must be named Bacillus.
If the author did not adopt for a binary or ternary combination the earliest legitimate generic name, specific epithet, or subspecific epithet available for the taxon with its particular circumscription, position, and rank.

Example: The name Bacillus whitmori Bergey et al. 1930 was illegitimate as Whitmore had named the organism Bacillus pseudomallei in 1913 [31].
If its specific epithet must be rejected under Rules 52 or 53.
If it is a later homonym of a name of a taxon of prokaryotes, fungi, algae, protozoa, or viruses.

Example: Phytomonas Donovan 1909, a genus of flagellates, antedates Phytomonas Bergey et al. 1923, a genus of prokaryote (Opinion 14; Judicial Commission [32]).

Names of prokaryotes validly published under this revision of the Code are not to be rejected as homonyms of names of prokaryotes published before 1980 and omitted from the Approved Lists.

Illegitimate Epithets

Rule 52

The following are not to be regarded as specific or subspecific epithets.

A word or phrase which is not intended as a specific epithet.

Example: Bacillus nova species Matzuschita.
A word which is an ordinal adjective higher than ten used for enumeration.

Example: undecimus, duodecimus etc.
A number or letter.

Example: α in Bacillus α von Freudenreich.

Rule 53

An epithet is illegitimate if it duplicates a specific or subspecific epithet previously validly published for a species or subspecies of the same genus but which is a different bacterium whose name is based upon another type.

Example: Bacillus pallidus Scholz et al. 1988 is based on the nomenclatural type, strain H12; the specific epithet pallidus cannot be used for Bacillus pallidus Zhou et al. 2008, which is a different bacterium whose name is based upon another type.

Replacement of Names

Rule 54

A name or epithet illegitimate according to Rules 51b, 53 or 56a is replaced by the oldest legitimate name or epithet in a binary or ternary combination which in the new position will be in accordance with the Rules.

If no legitimate name or epithet exists, one must be chosen. Since a specific epithet is not rendered illegitimate by publication in a species name in which the generic name is illegitimate (Rule 32b), an author may use such an epithet if he wishes, provided that there is no obstacle to its employment in the new position or sense; the resultant combination is treated as a new name and is to be ascribed to the author of the combination. The epithet is, however, ascribed to the original author.

Example: Pfeifferella pseudomallei (Whitmore 1913) Ford 1928 is an illegitimate combination since Pfeifferella is a homonym of a protozoan generic name (Opinion 14; Judicial Commission [32]). The epithet pseudomallei can be used for this organism in another genus, Pseudomonas pseudomallei (Whitmore 1913) Haynes 1957.

Rule 55

A legitimate name or epithet may not be replaced merely because of the following.

It is inappropriate.

Example: Bacteroides melaninogenicus does not produce melanin (see Schwabacher et al. [33]).
It is disagreeable.

Example: Miyagawanella lymphogranulomatis.
Another name is preferable.

Example: Not yet found.
Another name is better known.

Example: Corynebacterium pseudodiphtheriticum cannot be rejected because the synonym Corynebacterium hofmannii is better known.
It no longer describes the organism.

Example: Haemophilus influenzae (does not cause influenza).
It has been cited incorrectly; an incorrect citation can be rectified by a later author.

Example: Proteus morganii Yale 1939 (see Lessel [34]).

Rejection of Names

Rule 56a

Only the Judicial Commission can place names on the list of rejected names (nomina rejicienda) (see Rule 23a, Note 4, and Appendix 4). A name may be placed on this list for various reasons, including the following.

An ambiguous name (nomen ambiguum), i.e. a name which has been used with different meanings and thus has become a source of error.

Example: Aerobacter Beijerinck 1900 (Opinion 46; Judicial Commission [35]).
A doubtful name (nomen dubium), i.e. a name whose application is uncertain.

Example: Leuconostoc citrovoium (Opinion 45; Judicial Commission [36]).
A name causing confusion (nomen confusum), i.e. a name based upon a mixed culture.

Example: Malleomyces Hallier 1870.
A perplexing name (nomen perplexum), a name whose application is known but which causes uncertainty in bacteriology (see Rule 57c).

Example: Bacillus limnophilus Bredemann and Stürck in Stürck 1935 (Greek–Greek, marsh loving) and Bacillus limophilus Migula 1900 (Latin–Greek, mud loving); see Index Bergeyana, p. 196 [37].
A perilous name (nomen periculosum), i.e. a name whose application is likely to lead to accidents endangering health or life or both or of serious economic consequences.

Example: Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis (Opinion 60; Judicial Commission [38]) is to be rejected as a nomen periculosum.

Note 1. This application is restricted to a proposed change in the specific epithet of a nomenspecies which is widely recognized as contagious, virulent, or highly toxigenic, for example, to that of a subspecies of a species having a different host range or a degree of contagiousness or virulence. If the Judicial Commission recognizes a high order of risk to health, or of serious economic consequences, an Opinion may be issued that the taxon be maintained as a separate nomenspecies, without prejudice to the recognition or acceptance of its genetic relatedness to another taxon.

Conservation of Names

Rule 56b

A conserved name (nomen conservandum) is a name which must be used instead of all earlier synonyms and homonyms.

Note 1. A conserved name (nomen conservandum) is conserved against all other names for the taxon, whether these are cited in the corresponding list of rejected names or not, so long as the taxon concerned is not united with another taxon bearing a legitimate name. In the event of union or reunion with another taxon, the earlier of the two competing names is adopted in accordance with Rules 23a and 23b.

Note 2. Only the Judicial Commission can place names on the list of conserved names (nomina conservanda) (see also Rule 23a, Note 4, and Appendix 4).

Section 9. Orthography

Rule 57a

Any name or epithet should be written in conformity with the spelling of the word from which it is derived and in strict accordance with the rules of Latin and latinization. Exceptions are provided for typographic and orthographic errors in Rule 61 and orthographic variants in Rules 62a and 62b (see also Appendix 9).

Rule 57b

In this Code, orthographic variant means a name (or epithet) which differs from another name only in transliteration into Latin of the same word from a language other than Latin or in its grammatical correctness.

Example: Haemophilus, Hemophilus.

Rule 57c

When two or more generic names or two or more epithets in the same genus are so similar (although the words are from different sources) as to cause uncertainty they may be treated as perplexing names (nomina perplexa) and the matter referred to the Judicial Commission [see Rule 56a(4)].

Example: Bacillus limnophilus and Bacillus limophilus [see Rule 56a(4)].

Note 1. Orthographic variants may be corrected by any author.

Note 2. Perplexing names may be placed on the list of rejected names only by the Judicial Commission, because decisions on the status of names derived from different sources differing in one or more letters affect many well-known names in bacteriology.

Examples: Salmonella gamaba and Salmonella gambaga.

Rule 58

When there is doubt about different spellings of the same name or epithet, or where two spellings are sufficiently alike to be confused, the question should be referred to the Judicial Commission, which may issue an Opinion as seems fit. If one of the spellings is preferred by the Judicial Commission, this spelling should be used by succeeding authors.

Example: The epithet "megaterium" (over ‘‘megatherium’’) in the species name Bacillus megaterium de Bary 1884 (Opinion 1; Judicial Commission [39]).

Rule 59

An epithet, even one derived from the name of a person, should not be written with an initial capital letter.

Example: Shigella flexneri (named after Flexner).

Rule 60

Intentional latinizations involving changes in orthography of personal names, particularly those of earlier authors, must be preserved.

Example: Chauveau has been latinized as Chauvoe, and Clostridium chauvoei is derived from Chauvoe.

Typographic and Orthographic Errors

Rule 61

The original spelling of a name or epithet must be retained, except typographic or orthographic errors. Original spelling does not refer to the use of an initial capital letter or to diacritic signs.

Example: The original spelling was Bacillus megaterium, not megatherium (Opinion 1; Judicial Commission [39]).

An unintentional typographical or orthographic error later corrected by the author is to be accepted in its corrected form without affecting the status and date of valid publication. It can also be corrected by a subsequent author who may or may not mention that the spelling is corrected, but the abbreviation ‘‘corrig.’’ (corrigendum) may be appended to the name if an author wishes to draw attention to the correction. Succeeding authors may be unaware that the original usage was incorrect and use the spelling of the original author(s). Other succeeding authors may follow the correction of a previous author or may independently correct the spelling themselves, but in no case is the use of corrig. regarded as obligatory. None of these corrections affects the status and date of valid publication.

Example: Pasteurella mairi (sic) Sneath and Stevens 1990. Typographic error later corrected by Sneath [40] to Pasteurella mairii; this may be cited as Pasteurella mairii corrig.

Note. The liberty of correcting a name or epithet under Rules 61, 62a, and 62b must be used with reserve especially if the change affects the first syllable and above all the first letter of the name or epithet. Except for changes of gender in specific epithets when species are transferred to other genera (comb. nov.) no grammatical or orthographic corrections will be accepted for names on the Approved Lists of Bacterial Names, the Validation Lists and the Notification Lists.

Orthographic Variants by Transliteration

Rule 62a

Words differing only in transliteration into Latin from other languages which do not use the Latin alphabet are to be treated as orthographic variants unless they are used as the names of taxa based upon different types, when they are to be treated as homonyms. For an account of possible orthographic variants, see Appendix 9.

Example: Haemophilus and Hemophilus.

Rule 62b

When there are orthographic variants based on the same type, and there is no clear indication that one is correct, then an author has the right of choice.

Personal Names

Rule 63

The genitive and adjectival forms of a personal name are treated as different epithets and not as orthographic variants unless they are so similar as to cause confusion. For the latinization of personal names, see Appendix 9.

Example: The epithets pasteurii (genitive noun) and pasteurianum (adjective) are treated as different epithets.

Diacritic Signs

Rule 64

Diacritic signs are not used in names or epithets in bacteriology.

In names or epithets derived from words with such signs, the signs must be suppressed and the letters transcribed as follows: (1) ä, ö; and ü become ae, oe, and ue; (2) é; è; and ê become e; (3) ø, æ, and å become oe, ae, and aa, respectively.

Gender of Names

Rule 65

The gender of generic names is governed by the following.

A Latin or Greek word adopted as a generic name retains the classical gender of its language of origin. Authors are recommended to give the gender of any proposed generic name.

Example: Sarcina (Latin feminine noun, a package).

In cases where the classical gender varies, the author has the right of choice between the alternatives (but see Opinion 3 of the Judicial Commission [41] for the masculine gender of -bacter).

Example: -incola the gender may be masculine or feminine.

Doubtful cases should be referred to the Judicial Commission.

Example: Not yet found.
Generic or subgeneric names which are modern compounds from two or more Latin or Greek words take the gender of the last component of the compound word.

Example: Lactobacillus (masculine) milk rodlet from Latin: lac, lactis (neuter), milk; and bacillus (masculine), little staff.

If the ending is altered, the gender is that of the new ending in the language of origin.

Example: Not yet found.
Arbitrarily formed generic names or vernacular names used as generic names take the gender assigned to them by their authors. When the original author failed to indicate the gender; a subsequent author has the right of choice.

Example: Desemzia Stackebrandt et al. 1999, who assigned the feminine gender; Waddlia Rurangirwa et al. 1999; Afipia Brenner et al. 1992; Cedecea Grimont et al. 1981.

CHAPTER 4. ADVISORY NOTES

A. Suggestions for Authors and Publishers

Publishers of periodicals and books are requested to indicate the year, month, and day of publication either on the publication itself or, in the case of a periodical, on the succeeding number. This information, as well as the title of the periodical or book from which the paper is reproduced, should also be printed on separates, tear sheets, or reprints.

Separates or reprints should always bear the pagination of the periodical of which they form a part.

An author who describes and names a new taxon should indicate the rank of the taxon concerned and where possible the rank and name of the next higher taxon (e.g., the name of the family to which a new genus is allocated or the name of the order in which a new family is placed). The title of the work concerned should indicate that a new name is published even if the name itself is not quoted in the title.

Note. Valid publication of a new name or combination requires announcement in the IJSEM (Rule 27).

It is important that descriptions and illustrations of new species be as complete as possible and conform to the minimal standards when available (see Recommendation 30 and Appendix 6).

For scientific names of taxa, conventions shall be used which are appropriate to the language of the country and to the relevant journal and publishing house concerned. These should preferably indicate scientific names by a different type face, e.g., italic, or by some other device to distinguish them from the rest of the text.

The name of a genus should be spelled without abbreviation the first time it is used with a specific epithet in a publication and in the summary of that publication.

Example: Bacillus subtilis.

In a series of species names all belonging to the same genus, it is customary to abbreviate the name of the genus in all but the first species, even if it is the first mention of the succeeding species.

Example: Bacillus subtilis, B. polymyxa.

Later use of the name of the species previously cited usually has the name of the genus abbreviated, commonly to the first letter of the generic name.

Example: B. subtilis.

If, however, species are listed belonging to two or more genera which have the same initial letter, the generic name should he used in full.

B. Quotations of Authors and Names

Multiple authorship (et al.). When the new name of a taxon is published under two authors, both are cited; when there are more than two authors and when there is no definite designation of a single individual as the author of the name, the citation may be made by listing the names of all the authors or by giving the name of the first author, followed by the abbreviation “et al.” (et alii).
Publication in the work of another author (in). When a new name or combination by one author is published in a work of another author, the word “in” should be used in the literature cited to connect the names of the two authors. The name of the author of the name of the taxon precedes the name of the author in whose work it is contained. Example: Streptomyces reticuli Waksman, S. A., and A. T. Henrici in Breed, R. S. et al. Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 6th ed., 1948, The Williams & Wilkins Co., Baltimore.
Use of “pro synon.,” “ex,” “non,” and “sic.”
- When citing a name published as a synonym, the words “as synonym” or “pro synon.” should be added to the citation. (For types of synonym, see Rule 24a.) Example: Pseudomonas pyocyanea pro synon. Pseudomonas aeruginosa
- When an author publishes a name from a manuscript of another author, or revives another author’s name (Rule 33c, Note 2), whether as a synonym or not, the word “ex” should be used to connect the names of the two authors. The name of the author who publishes the name precedes that of the original author. Example: Achromobacter xylosoxidans (ex Yabuuchi and Ohyama 1971) Yabuuchi and Yano 1981 nom. rev. A subsequent author citing this revived name would use the citation Achromobacter xylosoxidans (ex Yabuuchi and Ohyama 1971) Yabuuchi and Yano 1981 or Achromobacter xylosoxidans Yabuuchi and Yano 1981.
- When citing in synonymy a name invalidated by an earlier homonym, the citation should be followed by the name of the author of the earlier homonym preceded by the word “non,” preferably with the date of publication added. Example: Achromobacter Yabuuchi and Yano 1981 (non Achromobacter Bergey et al. 1923)
- If a name or epithet is adopted with alterations from the form as originally published, including the use of a corrected spelling, the original spelling should be cited in any list of synonyms of the corrected name. The original spelling is followed by the term “sic” in parentheses to indicate that the original spelling is accurately cited. Example: Bacillus pantothenticus (sic).
Nomen nudum. In the citation of a bare name (nomen nudum), the status of the name should be indicated by adding “nom. nud.”. Note. A bare name (nomen nudum) means a name published without a description or a reference to a previously published description. Example: Not yet found.
Nomen conservandum. A conserved name (nomen conservandum) shall be indicated by the addition of the abbreviation “nom. cons.” to the citation. Example: Pseudomonas Migula 1894 nom. cons. (Opinion 5).

C. Maintenance of Type Strains

The utmost importance should be given to the preservation of the original “type” material on which the description of a new species or subspecies is based (see Rules 18a, 27 and 30).

Preserved and living specimens should be maintained in a bacteriological laboratory, more particularly in one of the permanently established culture collections, and a record of this fact should be included in the publication (see Rule 30).

Maintenance may be by a variety of methods, e.g., in a medium, in a host by passage, in cells or exudates, or in the frozen or dried state.

Every precaution should be taken to maintain such cultures with a minimum amount of change. Repeated subculture may lead to phenotypic or genotypic changes.

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번역 - International code of nomenclature of prokaryotes (ICNP) (2008 개정본)

제1장 일반 고려사항

제2장 원칙

제3장 명명법 규정과 권고

CHAPTER 4. 조언

CHAPTER 1. GENERAL CONSIDERATION

CHAPTER 2. PRINCIPLES

CHAPTER 3. RULES OF NOMENCLATURE WITH RECOMMENDATIONS

CHAPTER 4. ADVISORY NOTES

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